某空间正在发生一场追逐
黑色身影：“你们到底要追到什么时候？可恶！”
铠甲骑士：“你别想再跑了，你果然还没有完全消灭这一次绝不能让你再复活，奥米加兽拦住他。”
奥米加兽：“不用你说我也会的，要是让他跑了，我们怎么像王交代，千年兽束手就擒吧。”
千年兽：“你们这帮家伙真是阴魂不散，同归于尽吧无限大炮。”黑色的生物背上的大炮，开始聚能准备发射出去。
奥米加兽：“红莲骑士兽，快去告诉王，全部删除。”洁白的圣骑士挥舞着剑与那炮火撞在一起，发生相当激烈的大爆炸。
爆炸结束后，两个人的身影全部消失，只留下了那个中世纪盔甲在那里站着。
红莲骑士兽：“得立刻跟王去汇报，奥米加兽吾的密友，希望你平安无事。”
某空间
一个类似半人马，又如同麒麟一样。身上背有金色光圈的生物睁开了眼睛。
“嗯，有异世界的奇异生物闯了进来到底是谁？”
千年兽：“你还真是阴魂不散啊，现在就只有你一个了。”
奥米加兽：“就算同归于尽我也要将你抓回去。”
千年兽：“哪得看你有没有那个本事，嗯，是谁？”
白色的半人马生物出现在了两人的面前。
半人马生物：“来自异世界的访客们，你们究竟有什么目的？”
奥米加兽：“您就是这个世界的创世神么？您好，我们是我的名字叫做奥米加兽，我是守卫着世界平和的皇家骑士之一，这个黑色的生物名叫千年兽，是人类的内心黑暗中所诞生的存在，我们一直追捕他，追捕到了这里。”
阿尔宙斯：“居然是这样，那就让我来清除你吧，我的名字是阿尔宙斯，这个世界的创世者。即然你是黑暗中诞生的存在，你就给我回黑暗去吧，制裁光束。”阿尔宙斯说着发射出了光束，打向了千年兽命中千年兽发生了爆炸。
千年兽：“不要...嗯黑暗之源，哈哈哈！”爆炸过后，千年兽不见了
阿尔宙斯：“他已经被击败了。”
奥米加兽：“不，并没有他只是身受重伤而已。”
阿尔宙斯：“那怎么办，可惜我不能亲自过去，我还有些事要去处理。”
奥米加兽：“只有这样了，我的力量已经快耗尽了。现在我会化为两颗数码蛋，希望您帮我送到那个世界，当找到合适的搭档，我会再一次孵化的，希望你可以多关照一下。”奥米加兽说完变成了两颗数码蛋。
阿尔宙斯：“我知道了，传送，那么让你和他见面应该不错，我会把你送到他没有出发的时候，我们会帮尽量帮你们的。”
在这个世界里，生活着不可思议的生物，他们叫做宝可梦，世界各地都看的到他们的身影，宝可梦是人们的宠物，是人们的伙伴，更是人们的搭档。
在这个世界，人们只要达到了十岁，就可以领取一只初始的宝可梦成为一名训练家，即可开启冒险之旅。
皇家要塞
红莲骑士兽单膝跪地请示着：“就是这样，王，红莲骑士兽，办事不力，请降下惩罚。”
身影：“不会惩罚，你办事不利的这么说奥米加兽和千年兽去到了另一个世界，是吗？”
“是的，王”
“我知道了，你叫杰斯兽来一趟，你和杰斯兽跟我一起去那个世界看看。如果可以的话。只能拜托那着世界的命运之子对抗千年兽了，明明他都已经被击败好几回了，还不肯放下，真是的。”
另一个身影：“千年兽，你又不是不知道，只要人心还有邪恶，它就永远不会消失。”
前者：“我知道了诺伦，这件事别告诉龙渡他们，世界刚刚融合就让他们自己去处理那边的事吧。”
诺伦道：“我明白了，你自己小心。”
大木研究所
四岁的小智来到了大木博士的研究所，闭上双眼，发现自己可以看到周围的人正在走动，并且自己还能听懂宝可梦的语言，他感到十分的疑惑，就跑去询问在一旁做研究的大木博士。
“这一定就是传说中的波导。”大木博士很兴奋地大叫道。
“耶！太棒了。”
“小智，你很有希望啊！不过神奇宝贝知识也是很重要的哦！”
“我知道了，大木博士。”说罢，小智便钻进了大木博士研究所的书堆中，开始了神奇宝贝知识的学习。
时间转眼过去了两年，小智阅读完了所有的大木博士研究所的书籍，也熟练地掌握了与宝可梦沟通的波导。
“小智，明天我将举行夏令营。你的费用就不用交了。记住，早上8点集合，不要迟到了！”
“哦。我知道了，大木博士。再见。”小智挥手与大木博士告别返回了自己的家里。
当晚，关东地区，真新镇上空，两颗流星划过了天空，降落到了离真新镇不远处的森林中。等待着命运之人的发现。
超克空间
受阿尔宙斯的召唤各地区传说的存在都来到了这里。
阿尔宙斯：“事情就是这样了。希望你们能够多多帮助他们同门，同时要调查一下那个千年兽的事情。”
众神兽：“明白，老大。”
夜里小智正躺在床上睡的正香，突然做了一个梦。
一个模糊的身影对着他说：“命运之子，黑暗将会袭来，你要和命定之人合作，驱逐黑暗。”
第二天早上
“小智，快起床啦······”楼下小智的妈妈花子大叫道，可楼上依然没有丝毫的动静，于是，花子就生气地上了楼，走进了小智的卧室。
小智一听到夏令营，顿时打了一个机灵。立刻从床上爬了起来，迅速地刷牙洗脸，穿衣之后，就心急火燎地叼着面包朝大木研究所跑去。
小智一边跑一边想着昨天的梦‘命运之子是说我吗？命定之人又是谁？黑暗又是指什么？’
大木研究所
小智终于赶到了大木博士的研究所，参加夏令营。
一位刺猬头的少年看见他终于来了说道：“哼，你来的真慢呢，小智，本少爷已经在这里等候你很久了，还以为你会迟到呢。”小茂嘲讽小智道。”
“哪里会迟到，不是刚好来吗？”小智反驳道
“好啦好啦，你们两个快点过来集合啦，我们要出发啦！”大木博士打断他们的对话，摇了摇头，对这一对能随时随地吵起来的活宝表示无奈。
两人停止了斗嘴，向着老人的方向跑去。登上了大巴车。
行驶了大约半小时后，大巴车在森林的某个地方停了下来，所以决定在这里举行夏令营。
待孩子们都下了车之后老人道：“咳咳，先自我介绍一下，我的名字叫做大木，或许你们应该都很清楚，这里呢就是我们这一次夏令营的举办地点，这个地方很安全，现在开始的一个星期内，我们要在这里举行夏令营，不只是一场普通的夏令营，希望大家可以多多观察认识野外的宝可梦。好了，话不多说，但还是要注意安全，现在解散。
说完之后，孩子们立刻跑开，开始了玩耍。
小智好像受到什么感应似的向着森林的方向走去，发现了一只皮丘。
一人一兽对视着，明明是刚刚见面确认为彼此似乎有一种某种特殊的羁绊似的，两人很快打成了一片，这个时候一只路过的蚊香蝌蚪，踩着两人的逃跑着，于是两人开始追逐着，蚊香蝌蚪。
森林的另一段一个戴草帽的女孩子在这里一个人行走。
她独自一人走着，不知不觉地走到了森林的深处，不知道该怎么回去，关键是森林里的宝可梦总是会时不时地跑出来，小女孩不知道应该怎么办才好，泪水在眼角里打转，继续毫无目的地前进着。
此时，不远处的草丛正在不停地晃动，察觉到的女孩十分的害怕，呆呆地看着。
这时，一只蚊香蝌蚪突然从草丛里钻了出来，女孩吓得扭伤了脚摔倒在地上，看着自己的伤口坐在地上哭了起来还说道：“所以说人家最讨厌，夏令营了，妈妈，呜呜...！”
这个时候草丛里又冒出了声音，让那个女孩非常害怕。