在得知忽必烈于漠南抢先召开忽里勒台并登基为汗的消息后，阿里不哥显然感到措手不及。他匆忙于1260年五月，在驻夏据地阿勒泰山中召集留守漠北份地的诸王宗戚，举行大会。在这次大会上，阿里不哥被拥立为大汗，与忽必烈形成了两大汗相抗衡的局面。
一场激烈的汗位争夺战即将爆发。
这一刻，蒙古帝国的内部矛盾达到了顶峰，两汗并存且摩擦频频，不仅是传统蒙古贵族与新贵间的对弈，也分散了帝国的统治力量，混乱和不安充斥在整个帝国。
忽必烈和阿里不哥之间的汗位争夺，不仅是一场双方政治和军事实力的比拼，更是一场关于帝国未来发展方向和治理模式的较量。
阿里不哥主张对传统的坚守和对汉地治理的排斥，希望从蒙古本土来汲取更多的财富来维持富足的“小康”生活，也正是由于这种理念使得他受到了部分蒙古贵族的支持。
反观忽必烈则不同，中原治理、采用汉法，建立起与中原经济基础相适应的中央集权制封建政权。这种治理理念下，使得他在汉地的支持者众多。
对比两种执政理念，并无高下之分，只是由于两人深处的时局和环境不一样，阿里不哥自小就生活在蒙古本土，并没有经历过太多的军事磨炼，即没有多少军功。而忽必烈自小就是雄才伟主，都是实打实的军功，获得了军队中众多将士的认可和支持。
这也使得如果阿里不哥上位，蒙古帝国大概率还是会沿蒙哥时期的老路发展，这种模式早已被人所不喜。而随着蒙古帝国的发展，有私心和野心的人越来越多，比如塔察儿，本身早就对屡次训斥他的蒙哥产生了抵触心理，“走老路”是他不想看到，内心是说“不”的。而支持忽必烈也不是无奈之举，他有自己的小算盘，想让忽必烈默许他称霸辽东，进而获取染指高丽的权力。
在整个过程中，大家都从自己的角度去谋划事情，“算清楚”自己在这个过程中能够划分到多少实实在在的好处。
最终，在经过一系列的争斗和较量后，忽必烈成功击败了阿里不哥，统一了蒙古帝国。然而，表面上虽然是忽必烈取得了胜利，但深藏于帝国内部的矛盾、分裂和隐患等并没有得到妥善的处理。在今后的日子里，这些问题仍会不时出现，影响蒙古帝国的整体走向和命运。
忽必烈在稳定了与支持阿里不哥的西道诸王的关系后，依托汉地强大的人力、物力资源，与阿里不哥展开了一场旷日持久的内战。首先成功抵御了阿里不哥部从两路南下的分兵进攻，迫使其撤出和林，退守至他继承的拖雷分地吉里吉思。
在和林短暂“歇脚”后，忽必烈并没有就此放过阿里不哥，他先是委派宗王孛儿只斤·也松格（成吉思汗弟合撒儿次子）留守，自己则退回漠南远程指挥。看似是忽必烈退回，实则这一部署既保证了和林的安全，同时也便于他能够在漠南灵活调动兵力，以预防阿里不哥的进攻。
同时，忽必烈还派军援助了宣抚京兆的廉希宪，击杀了在陕甘一带握有重兵的阿里不哥支持者浑都海、阿蓝答儿等人。这一系列的组合拳，直接给阿里不哥以迎头痛击，削弱了在关陇地区的势力，也为最终的胜利奠定了基础。
更为重要的是，忽必烈本着“两手都要抓，两手都要硬”的原则，一只手在预防阿里不哥的进攻，另一只手也没闲着，充分利用了汉地资源和儒士优势，高瞻远瞩地部署了加强中央集权、改革税制、发展农业等措施，在短时间内争取到了更多的支持者。
就这样，在不断的拉扯中，一年就过去了。
1261年初，忽必烈在开平召开了一次重要的集会，这次会议聚焦于军国大政，旨在调整行政中枢，以应对日益复杂的内外局势。特别是正处于权力更迭、内部纷争的关键敏感期，阿里不哥这一颗“毒瘤”的存在严重干扰着蒙古帝国的安宁和稳定。
忽必烈深知，自己的汗位稳固与否，目前还有太多未知数，不仅需要建立一套高效且稳固的行政体系来支撑，同时还需要尽快了结内忧。
然而，阿里不哥也不是吃素的。秋天时，再次举兵东来，先是利用计谋诓骗了也松格，成功击溃其和部下，紧接着迅速占领了和林。
兵败的消息传来时，忽必烈深感局势的严峻，自己过于乐观地想法还是过于“乐观”了，本以为自己已经击散了阿里不哥的队伍，击溃了反抗的野心。
殊不知，一切都只是假象，毕竟利益面前谁都不想让步，更何况是大蒙古帝国的汗位。
他明白，与阿里不哥的冲突已经到了一个不可调和的地步。痛定思痛的忽必烈，在十月，召集和率领诸路汉军与蒙古诸王所部再度北征，誓与阿里不哥决一死战。
昔木土脑儿之西成了双方摆阵厮杀的场地，在一番血肉相搏的激战后，忽必烈略微占优，取得了一些小战果。但也仅仅是小战果，局势一下子陷入了僵持胶着状态。
毕竟，大家都是“同门师兄弟破不了招”，可长时间的相持也是不现实的。毕竟人吃马喂，这种大规模、长时间消耗的都是“真金白银”。
因此，二人默契地决定“后退”，再次相峙于大碛南缘。看似妥协的举动，暂时缓和了紧张局势，但为未来的冲突升级埋下了伏笔。
随着冬末的来临，忽必烈下令还师，并颁布诏令撤除各地的戍兵，释放民间新签的军队。当听到这一消息时，阿里不哥愣了一下，以为忽必烈是认怂了。加上自己带队已经出来一年了，年底时“家里还有很多事等着呢”，任由撤走。
从这一点上，其实也能够看忽必烈的为人格局更大，他本身不希望战争，对和平有着天然的渴望。而且战争带来的后果需要由普通百姓承担，也体现出了他对民生的关注。这样的大汗，怎能让人不爱和尊敬呢？！
双方的休战，在一定程度上预示了形势的缓和，但实则双方都不认输，冲突只是暂时缓解了，未来之路还任重道远。