四乃森苍紫万万想不到，他还没来的及等到师傅卷町龙崎的回归，却先一步等到了幕府让他切腹的命令。
原来是那天陈天与裕子离开江户后，裕子让人将浅草婆婆在将军灵柩上贴了那张诅咒用的污血符箓的事暗中汇报给了已经改名为德川庆喜的现任将军。
此等滔天之恶居然发生在已故将军的身上，作为现场安保的御庭番众居然自始至终都没有察觉。作为留守京都的御庭番众首领代理的四乃森苍紫，必须以死谢罪，发生了这种事，谁都保不住他。
四乃森苍紫明白了前因后果后，也没有选择愚忠的自裁谢罪。反而带着他的特攻小队，潜出了江户城，彻底隐匿了行踪。
被幕府召回的卷町龙崎也只能表示四乃森苍紫叛逃，并且将对他进行全力追杀。但是，现如今的御庭番众已经到了如此境地，能不能完成这个任务，卷町龙崎也只能表示‘尽力而为’。
望着空空荡荡的御庭番众议事堂，卷町龙崎深感自己的力不从心。在这多事之秋，居然还要对自己的继承人下达‘格杀令’，真是莫大的悲哀啊。
1866年（庆応二年）12月，随着孝明天皇薨去，令天下转折的庆応二年，终于落下了帷幕。
一年后，也就是1867年（庆応三年）12月，随着十月幕府将军德川庆喜宣布‘大政奉还’后，王政复古大号令也在１２月颁布。就此这个国家进入了明治时代。
而这１８６７年，也是陈天进入这个世界的第十年。
如果说他在灌篮高手世界，只渡过了一个夏天的话，到最后还无法完全融入身边的一切的话。那么他在这个动乱的世界，生活了整整十年。现在的他，从方方面面都已经融入了这个时代。
而他自己的身体，除了比十年多更强更壮之外，并没有留下什么岁月的痕迹。在这点上，体会最深的就是中夏裕子。
当年她第一次和陈天在那温泉汤共渡云雨时，她正好４０岁。现如今，她已经４８岁了。虽然她有着领先这个时代的神奇易容术，使得她驻颜有术更显熟妇美态。但她也不得不承认，容颜老去是不可避免的。
但是，同样是这八年，陈天的面容却一点都没有变化。在这点上，作为易容大师的裕子是不可能看错的。好在，神奇的是，比古清十郎的容貌也是一点都没有老。所以，飞天御剑流可以抗衰老的名声就被做实了。
裕子到不是有意要去探寻陈天为什么不老，她只是不想让她与陈天之间在年龄上的差距越来越明显。毕竟，她也是个女人。陈天在年龄上与她相差这么多，她怕有一天自己年老色衰会失去对方的宠爱。但让她欣喜的是，陈天丝毫没有一点这方面的表现。依旧对她如同妻子般的呵护。
更让她可喜的是，中夏奈奈在得知二宫浅草的死讯后，一个人关在房间中痛哭一场后，就再也没有了往日脸上那化不开的阴霾。好像就此重生一般，彻彻底底的与过去做了告别。依旧以陈天侧室的身份与她们相处。这也说明了她承认自己并没有失忆，她只是走不出那个老妖婆对她的阴影当中。
至于，奈奈到底是不是她的女儿，已经没有人去深究了。
是也好，不是也好，她都将奈奈当自己的亲生女儿来对待。因为她在奈奈的身上，看到了她当年自己的影子。
毕竟，她也是从小被二宫浅草培养长大的，奈奈就像是她从前的自己。
一个月后，又是一个新年，1868年（庆応四年）。陈天又是在绯村与大家一起渡过了他在这个世界的第十一个新年。
剑心与巴这次带来了一个好消息，巴怀孕了。少年剑客已经可以准备当爸爸了。
比古清十郎看着自己这个满脸幸福的弟子，他心中已经明白，这孩子现在已经不必再用剑了。
现在的剑心已经没有一点杀气，已经从刽子手脱变成一名田舍郎。他也就断了要传授对方‘天翔龙闪’的心思。看来他以后不得不将飞天御剑流交到陈天手中了。
1868年（庆応四年）１月３０日，德川幕府最后奋起的火焰，也随着鸟羽、伏见之战的惨败，彻底的被新政府浇灭。而在这场持续近三天的战斗中，没有人注意到作为御庭番众最后战力代表的卷町龙崎死在了新政府的枪炮之下。
这一年，他的爱徒四乃森苍紫刚好１５岁。在他重伤弥留之际，想起了当年自己的老友柏崎念至和自己说过的一个赌约。这个赌约的内容就是他是否会在四乃森苍紫１５岁之际而死。
他现在明白了，原本当年陈天说四乃森苍紫是妖星，１５岁会克死他的话是真的。但死的不止是他卷町龙崎，更是这德川幕府天下。
1868年10月23日，这天下正式改元为‘明治’。
从此，进入明治元年。轰轰烈烈的倒幕时代结束了。这个国家迎来了新的时代，陈天也开始了他新的准备。他在这个世界还有八年的时间，他要好好利用这八年，做他想做的事情。
首先就是人事上的安排。时年已经２３岁的怜为了在剑术上能够更进一步，决心一个人去海盗的世界闯荡。她独自踏上海盗走私线路，既可以在海浪与海盗的双重威胁下领悟属于自己的天翔龙闪，也可以替陈天重新收编那群海盗，将二宫浅草当年留下来的走私贸易再次带动起来。
陈天这也是再三思考后的决定，怜一直在他身边，是不会再有质的提升的。再不独自出去独当一面，就浪费了她从小就有的心机与才能。
怜在自己身边，越来越软弱了，她小时候的那种置之死地而后生的精神在时间与温暖之中消磨。这不是他想要的样子。而对于怜自己来说，为主人赴汤蹈火根本就不用考虑自己的危险。
只要是陈天的命令，她都会拼了命去做的。
就这样，怜这一走，就是整整三年。虽然期间每年过年都会回到绯村，但绝大多数时间，她都在海上。风浪与战斗，在她身上留下了无数的伤痕，而她在剑术上的实力已经远超当年刽子手时代的剑心。但是，她离天翔龙闪，始终还差那半步。
陈天第二个安排的是裕子。统领一个名为‘天国’的情报机关。
进入明治时代后，葵屋就成为了一间真正的大型民宿，还在已经改名为东京的江户开了分号。
在这两大葵屋之间，是绝对没有任何问题的。明治政府暗中也查过很多次，葵屋没有任何不法交易方面的活动。只是救济过众多破产的下级武士家庭，有的每月给予一些时间的免费食宿，有的给予提供工作岗位。葵屋拥有大量附属的地皮与周边商铺，也吸纳了大量因动荡而失去家园的劳动力。
而真正当年裕子领导的御庭番众的成员，也分成了三大部分。这三大部分分别为：
已经成为京都最大车马行的‘新通’，负责武斗护卫与传递情报。
东京著名的大型西洋医院‘圣玛丽’，负责走私各类违禁品。
东京最新式的高档西式俱乐部的‘曙光社’，负责拉拢新政府的各类官员。
裕子将当年从御庭番众榨取的所有财货与人员都投入在这三个方面，短短三年就做大了规模。
陈天也从新政府中挖来一个不受待见的政务方面能手。
原本属于志志雄手下，有着‘百识’之称的佐渡岛方治。陈天将他作为参谋交给裕子，由他辅佐裕子一起打理这个‘天国’机关。
当然，裕子也明白这是陈天派过来的‘监军’。对于这点裕子表现的非常不在意，她好像更在意的是陈天能不能让她，或者是奈奈怀上孩子。
连剑心都做父亲了，陈天如此强健的身体，居然一直没有后嗣。这点让她苦恼非常。
她们‘天国’已经是如此一个庞大的组织，也应该有着自己的少主了。否则也就是她们这一代人死后，也就是人死灯灭的下场。这是这个时代大部分人的传统观念。
时年１７岁的玲，作为裕子亲传弟子，就要忙很多了。她首先要作为陈天的机要秘书，将‘天国’机构所有的一切都整理分类，再汇报给陈天。
还要在圣玛丽医院中化身中西混血的留学生，学习最新的西方医术。
还要在裕子的教导之下，深入花街勾栏，码头赌场，以及各类新式俱乐部，去观察与伪装成各类身份，务必要成为一个百变千幻的易容大师。
而原本葵屋的那批特攻队，也化身为京都地下最大的极道团伙，作为‘天国’的外围组织而存在。其中鹈堂刃卫更是地下世界中最出名的杀手，他只要接单，就没有失手。
裕子也通过曙光社在暗中接了一批新政府官员中的一些生意，替他们解决一些不要看到的人，换取一些台面上的保护。
曾经身为新撰组的马术师范田岛又右卫门，被陈天推荐进了东京新成立的警察系统，他也收了一位名叫相乐左之助的徒弟。
这名叫相乐左之助的少年，他是原赤报队的后备队员。陈天是特意去找他的，因为陈天知道他未来是个很不错的战力，也是从小就痛恨新政府的。因为他最敬爱的队长相乐总三就是被新政府给害死的。
所以要找到他也很容易，就是在新政府将相乐总三的人头示众的时候，就能遇到他这个想来替自己队长收尸的少年。
陈天收服他的方式也很简单，派人在新政府的看护下，将相乐总三的尸身与头颅抢回来，隆重安葬。相乐左之助就这样带着对新政府的无限痛恨，加入了陈天的‘天国’机关。
而陈天就将他交给了机关中马术总师范的田岛又右卫门，学习其马术与斩马大刀的奥义。原本斩马大刀就是相乐左之助的最擅长的武器。
以后会被人称为‘斩左’的男人，现在就开始系统的培养，一定比原著中的更强。
对于相乐总三为什么会被新政府斩首示众。也是一件让陈天觉得相当‘恶心’的事件。
相乐总三原为是倒幕末时期的维新志士。他是倒幕派旗下非正规军组织赤报队的队长。
因为受到了倒幕派新政府的欺骗，到处向民众宣扬新政府作为“年贡半减”，会让农民们大幅削减田税。
最后派幕派根本没打算要兑现承诺，所以就将他设计捕杀，罪名是假冒官军，将污水都泼在他身上，说他宣传的一切都是骗局。
相乐总三被无端枉杀时，年不满三十岁。为推翻幕府封建统治而舍身忘死的草莽志士未死于德川氏之手，反遭明治官僚的暗害而牺牲。也是让陈天看透了这个新政府早晚会从屠龙少年，变成恶龙的。
时间进入1872年（明治五年），又是一年的新年，陈天带着他亲近之人，等着怜从海上回来。此时的怜已经在海上走私路线上，经历了五年的搏杀了。
现在的怜，可谓是一柄百练磨砺的宝剑，也是真正有资格成为陈天所需要的‘剑’。