送走琴音后，一行人决定继续前行……
告别了琴音后，他们回到了苑之镇，紧接着就看到了倒在花海里的喵喵。
在小智的悉心照顾下，喵喵总算醒了过来。
“小鬼头，是你们呀。糟糕了，武藏和小次郎。喵！”
喵喵一激动牵扯到了伤口。
“好了，喵喵小心一点，不要乱动了。到底发生了什么事呀？”
喵喵给大家讲述了他们之前遇到的内容。大致就是他们在一个废弃的工厂里面找到了银河队的基地，然后发现帅哥先生正与他们对峙。火箭队几人想要帮助帅哥先生，但是因为一时大意，结果被反将一军了。除了喵喵以外，武藏、小次郎和帅哥都被银河队抓起来了。
“我要去救他们喵。”说着喵喵就站了起来，然后准备前往银河队的基地。
“等一下，喵喵，我们和你一起去。”
“不许过来瞄。”喵喵拦住了小智，“我们可是敌人呀，喵。武藏和小次郎由我去就就可以了喵。”
“喵喵，我们是去救帅哥先生的，帅哥先生是我们的好朋友，我们一定要去救他，所以麻烦你带路咯。”说着小智就向前走着。
“你们……喵喵我实在太感动了。”
“好了，喵喵，我们赶快去吧。”
莎莉娜摸了摸喵喵的头。
“那么我们就乘坐热气球前进吧，喵。”
没多久喵喵就将它的热气球召唤过来了。实在是黑科技啊！
大家坐到了热气球上，然后朝着银河队的基地前进。很快，大家就看到了一座废弃的工厂。
“太好了，就是这里了喵。”
大家朝着工厂前进，然后从工厂里面飞出来了一群大嘴蝠。
“拜托你了，皮卡丘。”
“拜托你了，帕奇利兹。”
“皮卡丘，十万伏特。”
“帕奇利兹，放电。”
电系的绝招对大嘴蝠的效果十分的明显，不一会所有的大嘴蝠都失去了战斗能力。
很快，大家就进入了工厂范围，这时候天台上岁星出现了。
“坦克臭鼬，使用喷射火焰。”
“波加曼，泡沫光线。”
泡沫光线和喷射火焰打在一起，形成了强大的烟雾。趁着这个机会众人降落下来。
“坦克臭鼬，再一次喷射火焰。”
“快躲开。”众人躲开了喷射火焰。
“别在那里挡路，快让开。”小智大声的喊道。
这时候岁星并没有进行攻击，也没有撤退，而是仔细的看着小智三人。
“怎么又是你们，还有你这个搜查官，你什么时候能不来阻挠我们的事情啊。”
“不可能的事，乖乖束手就擒吧。”小智说道
“为什么，你们为什么会被湖中的宝可梦们选上。”
“你们应该都看到了吧。湖中的宝可梦，那些传说神奇宝贝的灵魂，为什么你们会被它们选中，明明是应该我们同步的。”
“你到底在说什么呀喵？”
喵喵十分的疑惑。
“听不懂没关系，上吧！坦克臭鼬，喷射火焰。”
“波加曼，泡沫光线。”
两只宝可梦的绝招打在一起，这一次升起了烟雾。当烟雾散开后，银河队的人已经不见了。
紧接着就看到一架直升飞机从他们旁边升起。
“皮卡～”
皮卡丘坐上姆克鹰，想要追击。
“等一下皮卡丘，我们还是先救火箭队和帅哥先生要紧。”
大家走下楼梯，然后来到了废工厂内。
“帅哥先生，你们在哪里？”小智向四周喊着。
“小次郎，武藏，你们在哪里呀？”
大家在工厂的四处寻找着。
“小智。”
一个声音喊了过来，这个声音是从前面的一个房间里传过来的，大家赶紧跑过去。
“帅哥先生，原来你在这里啊！火箭队的二人呢？”
“他们也在这里。”
“那好，你们让开一点，我把你们救出来。上吧，皮卡丘，使用十万伏特。”
皮卡丘的十万伏特打在门上，房间的门被打开了。
“帅哥先生，你没事吧？”
“我没事。”
“武藏、小次郎，你们没事太好了。”
“喵喵，你来救我们了，真是太好了。”
“对了，银河队呢？”
“他们已经逃走了。”
“好了，既然银河队走了，那么我们就要追过去了，这一次算我们欠你们一次，小鬼头。”话一说完火箭队就立刻跑开了。
“帅哥先生，我们现在应该怎么办？”小智询问帅哥先生。
“我们去看一看这座工厂到底是怎么回事吧？”
帅哥先生戴上了一个眼镜，然后在工厂内巡视着，很快大家就看到了一个实验机器。
“这里应该是他们做实验的地方，我倒想看看他们到底做了些什么。”
帅哥先生仔细检查了眼前的机器，然后在里面找到了一块红色的石头，应该是一种记录资料的东西。
“我们先回去将这个检查一下吧！”
大家离开了工厂，然后跟着帅哥先生来到了苑之镇。大家来到苑之镇的警察中心，然后准备将石头里面的资料传送到国际刑警总部进行探查。
“君莎小姐，就麻烦你了。”
“好的。”
君莎小姐打开了开关，然后开始进行读取和传送。就在快要完成之时，红色的石头突然炸裂开来，传送的仪器被破坏掉了。紧接着国际刑警总部发来了通讯。
“糟糕了，你们刚刚传过来的资料发生了问题，现在整个国际资料库全部都出问题了。目前已经没有办法查阅任何资料了。”
“糟糕，我们中计了，看来他们是故意将这个东西留在这里的。”帅哥先生醒悟过来。
“这件事我一定会追究到底的，你们就先回去吧。”
小智几人离开了警察中心，走出大门后，小光停止不前，看起来有心事。
“怎么啦？小光。”
“我有些在想那些湖中的宝可梦的事。”
“虽然亚克诺姆和由克希已经警告过了，但是希望亚克诺姆和由克希可以通知艾利姆多一声。”
“算了，我们先回宝可梦中心吧！”小忆建议道。
紧接着大家就回到了宝可梦中心，然后住了下来。
当晚，小智的梦境中龙出现在这里。
“听好，神奥即将面临史上最强大的危机，而你和你的同伴们将是这场危机的转折点，听着去找骑拉帝纳，他会帮助你们平息这场危机的。”
龙说完身影渐渐消失。
“等等。”小智还没说完的时候，梦境又再一次改变。这个时候，他发现小光和莎莉娜也在。然后艾姆利多，亚克诺姆，由克希出现在了他们的面前，似乎想要说些什么，但是还没听清，梦境就结束了，三人立刻醒了过来。
“你们也梦到了吧，湖中的宝可梦们，一定是想要向我们传达些什么。”
“我这边儿还梦见龙，他说神奥将面临的最大的危机。而我们则是这场危机的转折点，要我去找骑拉帝纳。”
“这梦到底是什么意思呢？神奥的危机指的又是什么？”
“不清楚，但神奥地区一定会出大事的。”
银河队总部
“喂，金刚玉魂给你们弄来了，别忘了你们答应过我们的事。”一个研究员对赤日说。
“不会忘记的，镇星立刻通知猎人组织开始行动。”
“是。”
银河队终于开始行动了，神奥地区的最大危机既将到来。