就这样，小驱暂时加入了山梨博士的暑期培训班，由于他是中途加入的，所以山梨博士不知道该怎么安排，就只能让他自由选择了。不过最后他选择了和小忆待在一起。
宝可梦暑期进座第五天的课程，是学习与幽灵属性宝可梦的正确接触方式。
山梨博士通过广播说明:
这个课程的目的在于学会，不论在何时何地碰到幽灵系宝可梦，能采取正确的应对方法。
详细的内容将由各位导师告诉各位，规则是各班同学两两分组取得放在附近山上遗迹的课程奖牌并带回校区。
“终于要开始了，那绝对不可以去道灵界啊爸爸。”小驱说道
“我知道了，莎莉娜，你就和我组队吧。”小智看向莎莉娜
“嗯，我会监督好的。”莎莉娜说。
“那我就和哥哥一组，我们在暗中跟着你们。”小忆说道
“嗯，这样我们也可以出一份力。”小驱说
“就这么办。”小智说道
小光则是和班里的一个肌肉男组队。
很快到了晚上很多人已经开始结伴而行了。
“奇怪了？我的搭档呢？”考平疑惑的看着其他成对出发的人，随后，他在角落，发现了一个紫色头发遮住双目，露出一丝诡异笑容的小女孩。
“那个，你也是这个学校的学生吗？”考平走上前问道。
“哼哼哼哼～”小女孩只是诡异一笑，头发掩盖的眼睛顿时一闪。
考平顿时变得如失了魂一般，“呵呵呵～跟我来～和我一起玩儿吧～”小女孩诡异的笑道。
……
各小组从各自不同的地方出发，小智与莎莉娜是最先出发的，路上，他们遇到了出来吓人的鬼斯、鬼斯通、耿鬼进化组。
不过他们也并没有什么恶意，随后他们就成为了好朋友，小智和莎莉娜一起前进，他们在一块石头前遇到了梦妖。
而小忆和小驱组则在后面一直跟着，也和那几只幽灵宝可梦成了好朋友，小驱甚至还拿出了幽灵宝可梦的食物给他们。
而小光这边她的搭档是一个没有骨气的肌肉男，一直躲在小光背后一看到幽灵系宝可梦就吓得一个人逃跑了肌肉男跑了以后，小光，目击到据说会把人带往灵界的黑夜魔灵袭击考平的场面。
小光带着受到惊吓的考平回到宿舍报告给了山梨博士，山梨博士立刻将学生们召集回来，却唯独少了小智和莎莉娜，小忆和小驱，小茂得知后立刻向着山顶遗迹出发。
小茂出发后山梨博士告诉大家，这座山上的幽灵系宝可梦都是由研究所进行管理的里面并没有黑夜魔灵。
而且这座山附近也没有野生黑夜魔灵出没但在前几天，进行的一次遗迹修补工程发生了一起意处，有个粗心的工人不小心砸坏墙壁。
出现了个洞窟有人认为那是通往“灵界”的入口，而黑夜魔灵有来去灵界和人间的能力说不定那只黑夜魔灵就是从灵界来的。
听了这些情报后，大家都很担心小智他们的安危于是一同上山寻找他们
而小智与莎莉娜又遇到了怨影娃娃和诅咒娃娃。
小忆和小驱一直跟随者他们的身后。
山顶遗迹小智和莎莉娜成功来到了这里，拿到了奖章，并且成功的和小茂汇合了。
“呵呵呵～”就在这时传来阵诡异的笑声。
“什么人”三人开始还以为是幽灵系宝可梦可当转头时，看到个小女孩在朝他们挥手。
“这边这边哦。”小女孩
在一个洞窟前不断朝三人招手。
就在这时黑夜魔灵出现展开双手挡在了他们的面前。
“你就是那只夜巡灵吗？已经成为了这片地区的驱灵宝可梦吗？”
黑夜魔灵点了点头。
“可恶，又是你，你到底要阻挠我多少次才肯罢休啊？”那个小女孩说下很生气，直接露出他的真面目。
它看样子像是个三米多大的水晶灯一般，不断燃烧着幽蓝色火焰。
“幽！！”它愤怒的看着小智一行人。
“你……居然是这种宝可梦吗？”小智眉头一皱。更重要的是，这只体型也比正常的大太多了！
“这是水晶灯火灵。”山梨博士这个时候带着大家全部都到了这里。
“山梨博士，它是什么宝可梦啊！”小光有些害怕的看着眼前这只奇怪的宝可梦。
“这是水晶灯火灵，是生活在合众地区的幽灵系宝可梦，是已知被确认有杀死过训练家记录的可怕宝可梦。”山梨博士说道。
“杀……杀死训练家？！”小光大惊失色。
“我要把你们全部带过去。”说着，水晶灯火灵身后的那个洞出现了强大的吸力，莎莉娜一时不留神，结果差点儿被吸进去，小智急忙抓住了她。小忆和小驱这时候也直接抓住了莎莉娜。
“你不属于这个世界，给我滚回去。”达克莱伊突然从小忆的影子里冒出来，你直接一发恶之波动，黑夜魔灵也发射出了精神强念，两道攻击直接将其打回了黑暗。
“成功了。”小智他们以为都已经打退水晶灯火灵的时候，但是很快就发现了吸力并没有停止反而还增大了。
“快，大家快离开这里！”于是大家立刻撤离，可是吸力太过巨大，一个不留神，小智被吸了进去。
“小智！！”莎莉娜大叫
“给我！滚开，这不是你的世界。”一颗巨大的影子球出现，直接把那个山洞炸塌。
随后骑拉帝纳的六条腿，重重的踏在了大地上，小智则在骑拉帝纳的头顶上。
“这是...骑拉帝纳。”山梨博士很是震惊！
“嘿嘿，这可真是意外的收获。”随着的诡异的声音，如同死神一样的死神兽现身。同时他的身份后还跟着许多披着白布类似幽灵一样的东西，猛鬼兽。
“死神兽，完全体，幽灵型；猛鬼兽，成熟期，幽灵型。”小茂看着自己暴龙机上的资料显示说。
“把那个孩子给我交出来，千年兽大人要我把他带回去。”死神兽指着躲在小智身后的小驱说
“他是要把我带回去，重新让我为千年兽效命的。”小驱说
“不用担心有我们在，没人可以把你带走，你最好乖乖的离开。”小智说着放出了亚古兽。
“没错，你别想把他们带走。”莎莉娜也放出了加布兽。
“我也不会同意你带走他们的。”小茂放出了汉克兽。
“哼，原本我还指望了那只水晶灯火灵可以把你带到灵界去呢？这样以来，就再也没有人能阻止我们了，也真没用，这么快就完了，全部都给我上。”死神兽一下令所有的猛鬼兽，都向着他们冲了过去。不过。
“就是你们这帮家伙毁坏了我的送行之泉吧！”
骑拉帝纳很生气，后果很严重，一发天龙流星坠落产生的大量的烟雾。
“你就是神奥地区的反转之主啊，真不错，难怪千年兽大人要我来负责神奥地区呢？”从烟雾中传出了一个阴柔的声音。
烟雾过后，大家看见一个穿着黑白色紧身衣，面容俊俏的金发男子站在那里，他的身边都是数码蛋。
“你是谁！”小智问道
“啊，我们这是初次见面吧，我就是千年兽大人，七亲信中最强的「傲慢」之魔王光明兽。”光明兽说道
“你是来决战的吗？”小智问道
“不，我只是感受到这一边儿似乎有些异常，顺便来看看，打倒我三个同僚的人。”光明兽说道
“你也会步他们的后尘。”莎莉娜说道
“我可不会轻易被打败，不过舞台不是这里，舞台已经准备好了，不过在那之前要有戏曲，那么第一乐章，迷宫，开始！尽情期待吧。”光明兽说完就消失了踪影。
“黑夜魔灵，要不要跟我一起走？就像当初那样。”
黑夜魔灵沉默了一下，然后对着小智叽里咕噜说了一些话。
“你要去安排一些事情才愿意跟我走吗？也好，去吧！我可以等你！”小智了解了说道。
黑夜魔灵点点头，对着小智和小茂挥了挥手，随后飘到夜空中消失不见了。
“不过那入口到底是怎么回事呢？”小忆不解的问道。
“那也只不过是一个千年以前被遗忘的入口而已。”达克莱伊解释道
小智：“达克莱伊，你这是什么意思？”
“我来解释吧。”骑拉帝纳说道
看见骑拉帝纳出来解释，于是达克莱伊默默的回到了小忆的影子里。
“千年前，世界上的许多地方，都有着冥界的入口，为了可以让黑夜魔灵把那些幽灵带走，可是其中有一些恶灵通过洞口跑了出来，伤害了人类，为害世界，最终封闭了所有通往冥界的入口，不过还是有一些入口被遗忘了。”
“所以说这个就是其中的一个被遗忘的入口吗？”山梨博士问道
“后来我将一部分力量赋予给了特殊的一些宝可梦。让他们去寻找并且镇守那些被遗忘的入口，那只夜黑魔灵就是其中之一。”
“原来是这样啊。”众人都点点头。
“骑拉帝纳，你过来因为怨灵的事吗？”莎莉娜问道
“那也是原因之一，最主要的原因我的送行之泉，被那些外来的数码兽破坏了。”骑拉帝纳
“送行之泉？”
“送行之泉，是我来往两个世界时休息的地方，如同三圣菇有着各自的湖一样。”骑拉帝纳解释道
“因为我不像，帝牙卢卡或帕路奇犽那样，可以自由开启空间门，我必须要借助反射物体的东西才能够自由进出，而送行之泉就是我的主要通道。”
“几天前我发现泉被破坏了，所以我就过来看看，结果刚好看到了刚才那一幕。”
“原来是这样！骑拉帝纳真是对不起，我们和大蛇兽的对战，毁坏了你的送行之泉。”小智道歉道。
“没关系，我已经把泉修复完毕了，那么告辞了。”骑拉帝纳说完飞走了。
之后小智联络了龙将那些数码蛋全部送到了创始村去，随后大家回到了学校的时候，天也亮了起来，幽灵时间就此结束了。