暑期讲座的第三天的课程，是观察宝可梦，大家要与在讲座附近的湖泊里的水属性宝可梦交流，并且依照班别向老师报告观察结果，小智一行人立刻前往湖边，以素描或是一起游泳的方式观察自己选择的水属性的宝可梦。
小智选择海狮宝可梦白海狮，小葵选择了滚球宝可梦海魔狮，小光选择了南海宝可梦樱花鱼，莎莉娜选择琵琶鱼宝可梦灯笼鱼。小忆选择温柔宝可梦美纳斯。
就在大家画素描时，突然间，湖泊远处有青色光芒在闪烁而小智一行人发现小的小不见了这时候在蓝组却跟来的考平，告诉大家这座湖有著传说，内容是“当不可议的青色光芒闪之时，宝可梦就会消失不见”于是大跟着光芒来到了到了一座绿色的洞窟里，青色光芒的真面目到既然是水池里的一只霓虹宝可梦霓虹鱼!
荧光鱼的进化型霓虹鱼，主体是藏青色的，嘴部、眼脸、身上的一圈环，腹鳍的全部两对大鱼鳍的边缘是浅蓝色的，雌性的膀形鳍下部更长，它有一条黑色的尾巴，尾巴上有玫红色的圆点，它的眼睛是玫红色的。
霓虹鱼的四片类似翅膀的鱼鳍会发光用来吸引其他宝可梦(猎物)靠近。
霓虹鱼住在深海海底之类的地方会出现在湖畔是非常不可思议的事。
正当大家想调查时，武藏伪装的武藏琳达跑了过来捣乱，接过被小猫怪击飞，小次郎和喵喵立刻带她离开。
然后大家潜入水中发现了水池底部有一个通道。
莎莉娜分析后得出那个是通往大海的，霓虹鱼可能是通过那个通道过来的。
考平在一旁查看岩石上的青苔，应征了莎莉娜的结论，青苔是水系宝可梦爱吃的“水苔”，霓虹鱼可能是为了吃水苔才通过通道从大海里过来的。
就在大家准备离开时变故发生，从水里传来咕噜咕噜的声音小智他们急忙向前看去。所有人都立刻做出了准备。
接着水中出现了巨大的黑色蛇头随着他的出现，又出现了七只形状不一的蛇头。
“你们果然是中计了，那只霓虹鱼，是我派出去的诱饵而已”那黑色的蛇头说
“这到底是什么，宝可梦吗？”小葵问道
“没有见过的呢，而且还会说话，看起来好像得到了很有趣的资料呢。”考平阴沉的说
“大蛇兽，完全体，魔龙型，绝招是天云从剑。”莎莉娜看着暴龙机资料说。
“完全体？亚古兽，我们直接进化成完全体秒了他。”小智说道
“等等，金属暴龙兽体型太过巨大，大蛇兽已经占了一半的地方，金属暴龙兽再进化就没地方了，还是交给我吧，加布兽。”
“加布兽跃迁进化狼人加鲁鲁兽。”
狼人加鲁鲁兽那健壮的双腿沿着墙壁奔跑，手上的利爪不停的抓捕着大蛇兽。
“可恶这鬼地方，我处处收阻。”大蛇兽说着用自己的蛇头不停的攻击着岩壁。
“他想把洞窟弄塌，我们快离开这里。”考平说道
于是大家立刻朝着洞口跑去，但是小忆的腿却在这时被大蛇兽的尾巴缠住了。
最后大家总算是洞口中出来了，最后一个出来的时候，那个洞也刚好塌了。
“都出来了吧。”小智问道
“没有！小忆不见了。”莎莉娜环顾四周，发现不见小忆的身影。
“你们找的是不是这个人”大蛇兽从那一堆乱石中冒了出来，把它的尾巴展示在了众人的面前，尾巴捆着的正是昏迷了小忆。
“最好乖乖的束手就擒，不然的话。”大蛇兽说着缩紧了尾巴，让小忆痛苦的叫了出来。
“你放开她！”小智怒吼道
“然后你们就给我投降，不然你...”大蛇兽眼露凶光
“五连闪”这个时候一道攻击打中大蛇兽尾巴，一时间的痛感让它立刻松开了尾巴，小忆掉了下来，正要落地时狼人加鲁鲁兽接住了她，送回莎莉娜的怀里。
“什么人敢坏我的好事儿。”大蛇兽很愤怒，因为它的尾巴也是他的必杀技，尾巴受了伤，就等于是封住了必杀。
“你没有资格知道汉克兽，完全进化”小茂说道
“汉克兽跃迁进化救星汉克兽，三叉戟剑。”
救星汉克兽双手以及尾巴上的利润命中了大蛇兽的三个头，将他的三个头消失。
“你还有点本事，不过你打中的都是假的蛇头。”大蛇兽轻笑着，一不一会损失的蛇头就又恢复了原样。
“你难道没有发现吗？我只不过是为了引你的注意。”小茂说道
“什么！！”
“千兆破坏炮。”金属暴龙兽直接发射导弹命中不了大蛇兽的真实头，一下子将大蛇兽化为数码蛋，以及一个戴着红帽子的男生。
“呼...小茂，多谢你过来帮忙。”小智说道
“不用谢，山梨博士说，你们擅自离开了湖边，所以叫我过来看看情况，刚好看到了刚才那一幕，好啦，我们回去吧。”小茂说着
于是小智背起那个昏迷的男孩啥，大家一起返回了学校，山梨博士正在门口等着他们。
“竟敢胆敢破坏我的送行之泉，我一定要惩罚。”本来在反转世界的骑拉帝纳，通过水泡的观察，发现自己所在的送行之泉被破坏非常生气，当即找了一个出入口，冲了出去。
而被破坏的山洞地方，骷髅骑士兽只是看了一眼，说了句：“真是没用的东西！”随后就消失了。
......
“你们总算是回来了，让我听听你们的调查报告。”山梨博士说
小智等人遇到了霓虹鱼的观察习性，不过他们隐瞒了，关于大蛇兽的事，只是私底下告诉了山梨博士。
“嗯，你们的报告很出色，都是十分满分，但由于你们擅自离开湖边扣四分，每人六分。”山梨博士说
当晚，小智四人还有小茂都在医务室看着昏迷的男孩，小忆也醒了过来，然后直接扑进小智和莎莉娜的怀里大哭：“好可怕呜哇哇哇。”
“不怕，不怕，有妈妈在。”莎莉娜摸着小忆的头安慰着她。
“没错，我们会陪着妳的，别怕。”小智也轻轻拍着小忆的后背安慰。
“行啦，他好像醒过来了。”小茂受不了他们，感觉好像在吃狗粮。
“仔细一看，小智这孩子好像跟你很像，只不过他的脸上没有你的那种标志。”莎莉娜说道
可不是嘛，仔细一看，这少年的脸和小智非常的相似，头发也是一样，只是他没有那个闪电脸颊，穿着红色的夹克，戴着红色的帽子，浅蓝色的牛仔五分裤，高级球样式的鞋子。