在得到了常盘道馆的绿色徽章后，小智一行人返回了真新镇，途中他们碰到了一个马戏团，然后火箭队又出来了，接着魔墙人偶击退了火箭队。另一只魔墙人偶被小智的母亲收服。
来到大木研究所，小智和小茂进行了一场久违的对决，吓坏了庭院里的神奇宝贝，还是小黄和莎莉娜赶紧安抚才没出事，就在这时，迷路许久的火箭队出场，打断小智和小茂的对决，被小蓝直接打飞，而且他们的决斗也因为决斗结果留到石英大会一决胜负来得好，他们才最终停了下来。
今天他们在离真新镇不远的一个海岸边上，进行着训练。
就在这时，一只快龙突然出现在他们的面前，拿出一张招待券和一个电子信笺，招待券里面写着：{你们是最被看好最有前途的宝可梦训练家，我以最强的宝可梦训练家的身份，邀请你们来参加我的宴会。}
“最强的训练家啊，那我还真想去看一看呢。”小智兴奋的说
“说的也没错呢，总之去看看也好。”小茂说。
“那么我们就一起去怎么样？。”小蓝说。
“好啊，没问题。”小黄说。
众人决定前往邀请函上所说的新岛。当一行人到达港口时，却因为天候不佳，前往新岛的船只暂停行驶。
很多被邀请的训练家都等的不耐烦了，不管港口管理员波佳和警察君莎的劝阻，用自己的宝可梦强行渡海，众人也决定用自己的宝可梦渡海，小刚的话找小霞借就好了，其他人自己也有可以渡海的神奇宝贝，就在大家准备渡海的时候，出现了意想不到的事。
超巨大毒刺水母突然出现在港口，把在场的训练家都吓坏了。
“超巨大毒刺水母怎么会出现在这！”小智惊讶地问。
“小智哥哥！它好像没有任何恶意。”小黄说。
（我当然没有任何恶意，我只不是刚好经过这里，话说你们在这干嘛？）超巨大毒刺水母问。
“我们要去新岛的神奇宝贝之城，正要出发，你既然来了，能不能载我们一程？”小智问。
（载你们啊，可以，虽然说一开始跟你们相处得不算很好，但好歹相识一场，上来吧。）超巨大毒刺水母转过身子，将身体尽可以能靠近港口，让他们可以上来。
大家倒也不客气，直接跳到它身上，毕竟有它在，他们的宝可梦就不必登场了。
超巨大毒刺水母带大家出海。
“凤王，亚古兽，你们都感觉到了吧？”小智用波导跟，凤王还有亚古兽沟通说道。
凤王(没错，是那家伙非常可以肯定。)
亚古兽(他和我们之前的一个朋友很像)
小智(总之大家还是小心一点儿吧。)
超巨大毒刺水母把大家都送到了新岛的港口，因为太过巨大，他没办法靠岸
带着邀请函和电子信笺靠近港口，港口处那个出现在电子信笺上的全息投影的美女已在那里等候他们多时了，信笺上那个全息投影的美女忽然出现，证明他们的确是被邀请的客人。
“啊！我认得你！你是神奇宝贝中心的寻人启事上那个失踪的乔伊！”小刚一眼认出他就是那个失踪已久的乔伊。
“说起来她和乔伊长得还真有点像！”小霞说。
“你们在说什么？我从小就在这座城堡中长大，从未曾离开这里过。”因为她太过冷静，冷静到完全没表情，众人只得面面相觑。
酷似乔伊的美女没有理睬他们怪异的表情，转身为他们带路说：“请跟我来。”
就在他们走后，火箭队偷偷来到了港口。
酷似乔伊的美女带众人来到一扇看着吓人的大铁门，说：“你们大概是最后一批赶到这里的人了吧，在你们之前已经有三个训练家赶到这里，你们先互相认识吧。”说完，大铁门自动关上。
就在这时，灯光突然暗了下来，然后一道明亮的蓝光突然照射下来，酷似乔伊的美女说：“各位，让你们久等了，现在为你们介绍最强宝可梦训练家”就在这时，一道奇怪的身影缓缓下落
“对，这就是最强宝可梦训练家，也是最强宝可梦的超梦大人！”
“果然是你，超梦，常磐道馆之后就没见面了。”小智打招呼说道。
小茂：“喂，小智，你知道他是谁吗？”
小智：“之前我们在常磐道馆的时候见过面，他因为找不到自己生存的意义很迷茫。所以我和他进行的沟通之后，他就离开了那里，但我没想到他居然会在这里。”
（既然他们都已经到了，那么，你已经没用了。）超梦一挥手，施加在乔伊身上的幻象术也就解除，小刚赶紧上前抱住乔伊，同时证明他的猜测是正确的，这正是在神奇宝贝中心失踪的乔伊小姐！
（为了让你照顾我，我特意把你从神奇宝贝中心带过来，了解神奇宝贝身体的医生是最好用的，你帮了不少忙，不过你可能什么也不记得。）超梦说
“你难道说利用幻象术控制了她吗？”小智问道
（没错，拥有传说神奇宝贝力量的我，要控制人类，非常的简单。）
“你太过分了！”小霞和莎莉娜说。
“皮卡！”（就是！）
“不管怎么说，你既然敢以最强宝可梦训练家的身份邀请我们，那么就不可能只是来请我们吃东西这么简单的吧。”小茂说。
（的确，我之所以邀请你们，是为了向你们证明你们人类是多么的恶劣无能！）
“你说什么！”
（我曾经想跟你们人类合作，可是我失望了，人类是比宝可梦还要更恶劣的生物！被人类这样又弱又恶劣的生物给统治，这个星球会彻底完蛋！）
（我无法赞同你说的话。）众人想反驳超梦的话，凤王这时从小智脖子上挂着的精灵球中出来。
（凤王！我记得没错的话你应该也被人类伤害过吧？为什么你还要站在人类这边！）超梦问。
（人类中固然有那些邪恶之辈，但他们仅仅只是少数，不能代表全部的人类！你不能因为你和我一样被人类欺骗和伤害过，就认为全世界的人类都是恶徒！）凤王说。
（哼！在我看来！人类和宝可梦的关系无非就是把神奇宝贝当做工具！）超梦说。
“谁说的！我就把秋秋它们当做家人！”小黄说。
“我也是！我和皮卡丘它们是最好的伙伴！”小智说。
“我也从来没有把宝可梦当做工具！我当我的神奇宝贝是伙伴！”小茂说。
“我们也是！”
（在我看来只有弱小的宝可梦才会依赖人类！对人类友好！既然你们觉得你们把它们当做家人和伙伴，那么，我们就来一场神奇宝贝决斗吧！）
“神奇宝贝决斗？和你吗？好！我在就想在和你再打一场了！”小智说。
“本少爷也正好想和你好好切磋一下。”小茂说。
（我可不屑于跟你们动手，我会用我自己的神奇宝贝跟你们决胜负。）
“你的神奇宝贝！”
就在这时，地面出现三个洞，洞口出现三支有奇特花纹的神奇宝贝，（在关都地区，每个以成为神奇宝贝训练家为目标的人都会拥有最初的神奇宝贝，也就是小火龙妙蛙种子和杰尼龟，而这些，就是我以它们的进化型做出来的复制品。）超梦在最后顿了一下，看起来它对复制品这个词有些在意。