此次争夺汗位长期内战，导致蒙古内部巨大分裂。当时蒙古各大汗国之中，钦察汗国、察合台汗国、窝阔台汗国皆都支持阿里不哥，唯有伊尔汗国支持忽必烈。阿里不哥失败之后，各大汗国纷纷独立，不再听命于忽必烈。蒙古虽打下巨大国土疆域，却就此分崩离析，再无统一政权。此次纷争之后，蒙古军事贵族中以忽必烈为首主张祖述变通一派，便正式将统治中心从碛北移至漠南，从而采纳汉法，加强对中原统治，为漠南蒙古人汉化提供适逢其时契机。阿里不哥兵败之后归降，既被忽必烈幽禁。两年之后，阿里不哥逝世，另说是遭到忽必烈毒杀。中统四年五月，忽必烈升开平为上都，作为驻夏纳钵。次年亦即西元一二六四年，南宋景定五年，八月，下诏燕京仍改名为中都；九月七日，忽必烈发布《至元改元诏》，取《易经》“大哉坤元”之义，改中统五年为至元元年，从蒙古国可汗变为大元皇帝。
至元初年，伊利汗国伯颜奉伊儿汗旭烈兀之命奉使入朝。史说伯颜乃是蒙古族八邻部人，曾祖父述律哥图在元太祖铁木真手下当差，任八邻部左千户职位。祖父阿剌继承了父职，并兼任断事官，因为平定忽禅有功，又扩充以忽禅地盘。父亲晓古台再继任父职，跟随旭烈兀夺取西域，立有战功。伯颜生长于伊儿汗国，以深略善断著称，信奉也里可温教（基督教）。受元世祖忽必烈赏识，从此被留在中都，拜中书左丞相，后升任同知枢密院事。史说伯颜智略过人，用兵筹谋，出神入化，在带兵、用兵、治军方面皆如神助，似乎无师自通。你道因何如此？却皆因其在奉使东归途中，行经陕西宝鸡三峰山之时，得遇奇人张三丰故也。且说张三丰乃辽东懿州人氏，姓张名通，字君宝。先世为江西龙虎山人，故常自称为张天师后裔。祖父张裕贤学精星算，于南宋末便知天下王气将从北起，遂携本支眷属，徙居辽阳懿州。张君宝稍长不饰边幅，又号张邋遢，颀长伟岸，龟形鹤背，大耳圆目，须髯如戟。无论寒暑，惟一衲一蓑，从不更换，所啖升头辄尽，或数日一食，或数月不食，便如东汉末年兵家掌门左慈先生一般。凡读书经目不忘，游处无恒，或云能一日千里，善嬉谐，旁若无人。
张通尝游武当诸岩壑，对其众徒说道：“此山年日必大兴！”时五龙、南岩、紫霄皆毁于兵火，遂与其徒斩去荆榛，辟除瓦砾，创草庐以为道观，已而舍去。在各种张三丰传记或有关材料之中，其还有全弌、玄玄、三仹、三峰、三丰遯老、玄一、君实、居宝、昆阳、三丰子、喇闼、邋遢张仙人、蹋仙等诸多名号。一日偶游宝鸡山中，见有三山峰挺秀仓润可喜，因号三峰子。居金台观时，曾死而复活，道徒称其为阳神出游。入明朝之后便自称“大元遗老”，时隐时现，行踪莫测。洪武二十四年朝廷觅之不得，永乐年间明成祖遣使屡访皆不遇。天顺三年，诏封通微显化真人。据武当道派所称，其道教初祖乃是老子李耽，亦即太上老君，二祖乃是文始先生尹喜，三祖乃是东晋时麻衣子，四祖是唐宋时陈抟，五祖乃是北宋火龙先生贾得升，六祖便是南宋张三丰。如按此说，每代祖师之间皆差数百年之久，实难置信。
若论张三丰名号，清代汪锡龄认为其来历与宝鸡有关。据其《三丰先生本传》记载，说一日张通站在金台观旁，凭栏向南眺望，看见对面鸡峰山巍峻挺拔，三座高峰挺立苍润，直插云霄，秀丽可人。于是指鸡峰山自号“三峰”，人称三峰居士。其后又觉“三峰”不雅，并担心被人与“三峰采战术”相互联系，因而玷污了自己名声，故以八卦中“乾爻三连，而坤爻六断”，便从坤土之中竖一根浩然正气，补其断而全其一，从此更名为“全一”，表字“三丰”。三者，乾卦之象；丰者，一直断乾则为坤也。此乃“张三丰”名号由来。张三丰曾作一首《上天梯》词以自述曰：“大元飘远客，拂拂髯如戟；一曲上天梯，可当飞空锡。回思访道初，不转心如石；弃官游海岳，辛苦寻丹秘。舍我亡亲墓，乡山留不得；别我中年妇，出门天始白。舍我丱角儿，掉头离火宅。人所难毕者，行人已做毕；人所难割者，行人皆能割。欲证长生果，冲举乘仙鹤。后天培养坚，两足迈于役；悠悠摧我心，流年驹过隙；翘首终南山，对天三叹息；天降火龙师，玄音参一一。知我内丹成，不讲筑基业；赐我外丹功，可怜谆告切；炼己忘世情，采药按时节；先天无斤两，火候无爻策；只将老嫩分，但把文武别。纯以真意求，刀圭难缕晰；十月抱元胎，九年加面壁；换鼎复生孙，骑龙起霹雳；天地坏有时，仙翁寿无极。”可知祖师出生于宋朝末年，元朝时入终南山出家。
张三丰在终南山修道时得遇全真教火龙真师贾得升，其实乃是以避气假死之法骗过乃马真皇后，遁入深山之鬼谷门第五十六代掌门耶律楚材，故以“假得升”为号。耶律楚材在暗中观察张三丰三年，遂依据鬼谷门谱系所示，将《鬼谷秘籍》授之，除精妙武功及用兵之法外，另将养生之术详加剖解，京将修炼金丹秘密毫不藏私相赠。师徒二人盘环三年，火龙真师云游天下而去，终不知其所踪。便在此时，伯颜奉旭烈兀之命入京朝圣，路经终南山，因得知山中常有全真仙道，故此独自一人上山朝谒重阳宫，在后山得遇张三丰真人。有道是“一饮一啄，皆是天定”，道家最注重缘法，张三丰见伯颜有修道骨相，问其来历，伯颜知道当地汉人皆恨蒙古族人，乃隐藏真实身份，自称张伯颜，说是西夏国汉人。张三丰闻说是本家，愈加喜悦，遂拣些用兵之法及布阵奇术择要传之，伯颜由此便得秘传，七日后拜别恩师，下山而去。伯颜辞去之后，张三丰心血来潮，遂排列一卦测算，得知伯颜乃是蒙古人，不由大悔，暗呼上当，遂又下山重入红尘，助襄阳城宋军屡抗元军，此乃后话，按下不提。
且说伯颜无意中得受道家秘术，不胜欣喜，下山一路追赶随从之人，一起进入开平上都，面见忽必烈奏事。元世祖忽必烈对其才能大加赏识，遂留作侍臣，不再放回西域，并渐渐令其参谋国事。两年之内平步飞升，一时荣宠无二，朝野无有能与其相比者。失经参政议政，世祖越发认可伯颜贤能，便敕中书右丞相安童妹与其为妻，并对安童说道：“令妹做伯颜之妻，不令你姓氏失色也。”至元二年七月，伯颜已官拜光禄大夫、中书左丞相。朝廷大小事情凡有难办者，往往三言两语便能解决。众人并不忌妒，皆信服说道：“此是长生天眷顾，故赐我大元以真有能力之宰相也。”至元四年，任中书右丞相，七年改任同知枢密院事，十年春持节奉玉册，立燕王真金为太子。至元十一年，亦即西元一二七四年，元世祖整理战具齐备，遂诏命伯颜复任左丞相，总领全国大军，兵分三路攻宋。
列位看官！你道忽必烈亦乃一代圣主，那伯颜乃是一介儒生，如何敢以三军重任托之不疑？原来是在对日本用兵期间，伯颜已大展其能，初得战功。至元三年到至元十年之间，元朝曾先后五次遣使飘洋过海，劝谕日本归顺。同时，忽必烈又下令在高丽制造战船，设立屯田，组织军队，准备通使不达目的便动用武力。日本镰仓幕府执权北条时宗拒绝归顺元朝，屡不答复元朝国书。于是在至元十一年三月，世祖命令伯颜为都制置使，以屯戍高丽之忻都、洪茶丘二将为先锋，率军进征日本。十月，伯颜跨海东征，与忻都等诸将率领蒙汉军及高丽军二万余人从合浦出发，侵袭对马、一岐两岛。元人虽然不习水战，但在伯颜精心筹划之下，竟接连获胜，终杀日本允宗助国、经高两员上将，继而在博多湾等处成功登陆。日本征兵十万余迎战，亦被元军设伏诱战，再用火炮击溃。最终毕竟粮草弹药运送不及，日军一边坚壁清野，一面顽强阻击，元军以致兵疲箭老，未能深入。不久大部分战船又被博多湾台风毁坏，伯颜只得上奏世祖，撤回高丽。此年乃是龟山天皇文水十一年，日本历史称之为“文水之役”。伯颜此出虽然最终无功而返，但举朝上下皆谓乃是粮草不济，兼台风毁船之故，非战之罪，且前番登陆之战及诱战伏敌皆类孙吴兵法，实在是用兵奇材，足堪宋国贾似道敌手。忽必烈打算再征日本，大臣王磐认为当务之急乃应全力攻宋，不可分散力量，亡宋之后，再图日本未晚。世祖准奏，于是派礼部侍郎杜世忠、兵部侍中何文著携国书出使日本，劝谕归顺。一面尽出全国人马，以伯颜为帅，率领诸路战将，出兵攻宋。
此时南宋理宗已然驾崩，是少帝宋度宗在位。宋景定五年，理宗赵昀病重，下诏征求全国名医为自己治病，但无人应征。当年十一月十六日，理宗赵昀病逝，在位四十年，时间之长仅次于高宗赵构，享年六十岁。遗诏皇侄太子赵禥即皇帝位，咸淳元年三月，葬于会稽府永穆陵。上谥号为“建道备德大功复兴烈文仁武圣明安孝皇帝”，庙号理宗。赵昀只有一个儿子赵维，但在出生数月后便就去世，故此只得立侄子赵禥为太子，是为宋度宗。度宗乃是理宗弟荣王赵与芮之子，初名赵孟启，又名赵孜、赵长源，被册立为太子时赐名赵禥。
理宗在位四十年，权相史弥远便擅权二十五年之久，致使南宋日渐衰落。理宗亲政后，亦曾采取了一系列改革措施，史称“端平更化”，倒也取得一些成效，以使宋朝艰难度过步步危机，又偏安江东数十年。究其更化措施，以政治、吏治、经济、军事、文化领域而言，大致如下：其一罢黜史党，慎择宰相，亲擢台谏。史弥远死后，理宗一方面对史弥远曲加维护，另一方面对其党羽绝不宽贷，相继罢黜梁成大、李知孝、莫泽、袁韶等人。端平、嘉熙、淳祐之际宰执，除郑清之与史嵩之评价尚有争议，其他宰相与执政大都是一时之选，较孚人望。史弥远死后，理宗将擢任台谏大权握于己手，任命台谏洪咨夔、李宗勉、李韶、谢方叔、江万里、程元凤、李昴英等人，大多立朝正直，议论恺切，使端平更化时期台谏风采熠然。其二澄清吏治，取消堂除陋规，减少官吏权摄，控制取士人数，严格升迁制度。其三加强军事，擢用将才。端平入洛失败后，理宗加强军事整顿，充实四川、京湖、两淮三大战场边防，选拔任用孟珙、余玠、赵葵、杜杲、王坚、张珏、吕文德等一批抗蒙名将，余玠在四川创建山城防御体系，为合州钓鱼城防御战胜利张本，尤其可圈可点。
其四整顿经济，发展文化，提倡理学，崇信道家。理宗亲政后，财政物价飞涨、国库空虚。理宗停止发行新币，适当回收旧币，严禁伪造楮币；又严格会计制度，实行节用方针，使全国经济颇有好转。景定二年，理宗排定司马光、周敦颐、程颢、程颐、张载、朱熹、邵雍、张拭、吕祖谦入祀孔庙，其中除司马光外，余者皆为理学代表人物。除此之外，理宗还先后为游酢、黄干、叶味道等名儒敕建书院。理宗登基后刊印《太上感应篇》，宰相郑清之、大臣胡莹微、陈洵益三人皆为推动，《太上感应篇》遂成为最为流行道教经典之一。此外理宗朝还先后四次对海神妈祖赐号褒封，为历代宋帝之最。又于淳祐七年建慈幼局，可谓世界上最早官办孤儿院。理宗既死，度宗赵禥在位十年，军国大权皆握于权臣贾似道之手，又逢元军来征。正是：铁蹄踏碎游湖梦，遂使太平终成空！欲知后事如何，且听下回分解。