窝阔台常请耶律楚材进说周孔之教，耶律楚材以“天下可马上得之，不可以马上治之”谏之，并请名儒向皇太子及诸王大臣子孙讲解儒家经义。攻克汴京之后，耶律楚材遣人入城求得孔子五十一代孙孔元措，奏请窝阔台封为衍圣公，以倡儒学之风。太宗八年，窝阔台采纳耶律楚材主张，兴办国学，考试儒生，得四千零三十人，其中四分之一原已沦为奴隶，中试后摆脱被奴役地位。耶律楚材规定，凡中试儒生皆免去赋税，优秀者可任以官职。耶律楚材还在燕京设编修所，在平阳又设经籍所，编集出版经史，使中原华夏传统文化得以保存。窝阔台在燕京等处要地继续设置断事官，另向各路府州县普遍派遣达鲁花赤，并命探马赤五部将分镇真定、大名、东平、益都、济南、平阳、太原。通过上述措施，蒙古对中原地区统治大大加强。窝阔台开始营建哈刺和林宫阙，太宗八年哈刺和林万安宫落成。又命***教工匠在哈剌和林城北春季游猎地建造伽坚茶寒殿，在城南营建图苏胡迎驾殿。哈剌和林城其后遂成为大蒙古国都城，亦是当时最为著名国际性城市之一。
元太宗虽是聪明睿智之主，但因血统及成长环境之故，亦是有名暴君。太宗八年六月，斡亦刺部落中谣传说有大汗诏令，要将该部少女去配适功臣后人。其族人信以为真，急各将闺女在族内婚配，直接送到男家。窝阔台闻讯后大怒，下诏命将七岁以上少女全都集中起来，已配人者亦从夫家追回。乃聚四千少女于一处，命令兵士当众**，其中有两个少女当场毙命。其后则命将四千女子或送往后宫，或赏给奴仆，或送至妓院及使臣馆舍，以侍候旅客，貌不堪用者，令在场亲人领去。其父兄亲属必须在旁立观女儿遭军士糟蹋，若有埋怨或哭泣者立遭诛杀。非但如此，另于宫廷斗争，窝阔台更是严酷、刻毒。四弟拖雷一直深受成吉思汗宠爱，且曾在窝阔台继承汗位前监国执政两年有余，并掌有蒙古军百分八十之众，故此被窝阔台视为夺位隐患。托雷具有坚实军事实力，在攻金的战役中更表现出卓越军事才能，则不能不引起窝阔台忌恨。在从金国班师北还途中，窝阔台装神弄鬼，假作得病奄奄一息，命拖雷在其身边侍奉。依据蒙古风俗，由萨蛮巫师念动咒文，将窝阔台疾病涤除在一只木杯中。拖雷对兄长非常爱戴，遂拿起杯子祈祷，并喝下涤除疾病之水，愿代替兄长经受病患。于是窝阔台病愈，拖雷告辞启行。托雷却不知道，其所饮咒水中已被其兄长投放了毒药，几天之后毒发，托雷就此不明不白死去。窝阔台由此除去最大政敌，众人却谓神灵移病成功也。
窝阔台灭金之后，指派朝中大将率师征伐，自己则不愿再受亲征之苦。由是不断酗酒，亲近妖娆美姬，纵欲淫乐。太宗本人嗜酒如命，到晚年更是溺情酒色，每饮必彻夜不休。耶律楚材见多次劝谏无用，便拿铁酒槽对窝阔台说道：“此铁为酒所蚀，每裂有口，人身五脏远不如铁，焉有不受损伤之理哉？”窝阔台虽连连称是，但因秉性难改，依旧是射猎饮乐，荒怠朝政。太宗十二年二月，窝阔台游猎归来，又暴饮通宵，遂致疾笃。召太医急进宫诊治之时，报称脉象已绝。未料半日之后，却又复苏醒来。楚材奏言此后不宜田猎，窝阔台休整数十日，其间果不田猎饮酒，遂渐渐好转。是年十一月，隆冬降至，窝阔台再次出猎，骑射五日后还至谔特古呼兰山，在行帐中观看歌舞，狎溺歌姬，畅饮美酒。窝阔台兴致极高，纵情豪饮至深夜才散。次日至巳时不起，左右入内探视，发现窝阔台已中风不能言语，不久便死于行殿之中。时年五十六岁，共在位一十二年。遗体被葬起辇谷，追谥为英文皇帝。
窝阔台汗去世，乃马真皇后便召相国耶律楚材商议立汗之事。窝阔台在位期间，不喜欢长子贵由，欲立三子阔出为汗，然阔出于蒙古侵宋时战死，窝阔台又欲立阔出长子失烈门为嗣，但未及立诏，窝阔台却突然病死。乃马真皇后欲立己子贵由为汗，但未有大汗遗嘱，故将相国找来商议道：“先帝在时，曾有意让皇孙失烈门为嗣，然皇孙年幼，长子贵由又西征未归，如何是好？”耶律楚材道：“先帝既有意向，就应立皇太孙即汗位，又何必商议。”乃马真皇后听后不悦，沉默不语。正在这时，乃马真心腹奥都剌合蛮进言道：“既是皇孙年幼，长子未归，何不请母后称制？”耶律楚材忙道：“此事不合我蒙古国法度，还要慎重考虑。”乃马真皇后笑道：“相国常谓南人制度优于我蒙古祖制，南人太后临朝者多矣。我今暂时称制，谅也无妨。”耶律楚材见奥都剌合蛮对己怒目而视，也就不再言语。
乃马真皇后于是未与宗亲商议，擅自夺取政权，担任摄政。耶律楚材因不满是举，遂称病不朝。东道诸王之一铁木哥斡赤斤领兵赶到和林，欲夺汗位，但此时贵由已到达叶密立直赴和林，使斡赤斤未能得逞。乃马真皇后脱列哥那脱列哥那摄政后结党营私，排除异己，任命法提玛、奥都剌合蛮等一批不学无术之人，担任朝廷内部命官。法提玛本是波斯徒思人，是窝阔台西征时所获西域女俘，被分配到哈剌和林乃马真皇后斡耳朵宫殿，侍候皇后起居，极得宠信。当乃马真后称制，法提玛便即权倾朝野，包括封疆大臣所办军国大事，都要通过法提玛转奏。乃马真后脱列哥那遂与法提玛合谋，下令逮捕中书右丞相田镇海、燕京行台断事官牙老瓦赤，以除政敌。镇海、牙老瓦赤得知其谋，逃奔到阔端斡尔朵，寻求庇护。至于那奥都剌合蛮，却是西域回回商人，曾在元太宗窝阔台时扑买中原银课。因为善于曲意逢迎、阿谀逢迎，而被元太宗及乃马真后脱列哥那所看重。太宗将中原课税以二百二十万两卖给奥都剌合蛮，并命其为提领诸路课税所官。奥都剌合蛮借机从中大谋其利，大大加重了中原人民负担，牙老瓦赤时任中州断事官，对奥都剌合蛮极其不满，二人由此构隙。乃马真摄政，奥都剌合蛮更加得宠，故此通过法提玛谄奏牙老瓦赤，乃马真后下令拘捕之，并诏命奥都剌合蛮取代其职。牙老瓦赤被迫逃往河西，托庇于元太宗之子阔端，其子麻速忽一路西行前至欧洲钦察，避祸于拔都之处。乃马真后向阔端索要牙老瓦赤，被阔端拒绝。
中书令耶律楚材在成吉思汗、窝阔台汗两朝任事近三十年，多有襄助之功。今见皇后脱列哥那称制，一味宠信法提玛及奥都剌合蛮，罢黜前朝老臣，因是大怒，屡上奏折弹劾奥都剌合蛮。皇后览奏不悦，于是耶律木材便渐被排挤，不受重用。乃马真后三年五月十四日，耶律楚材在府宅中悲愤而死，享年五十五岁。消息传出，倾国悲哀，蒙古人大都痛哭终日，如丧考妣。汉族士大夫更是流涕凭吊，并作诗称云：“砥柱中流断，藏舟半夜移。”大蒙古国数日内不闻乐声。暮之谦在《中书耶律公挽词》中留言：“忽报台星折，仍结薤露新；斯民感天极，洒泪叫苍旻。”耶律楚材死后，乃马真后遵照遗愿，将其遗体运回燕京故里，安葬在耶律楚材生前所眷恋玉泉山下瓮山泊之滨，便是今日昆明湖，与其夫人合葬。耶律楚材生前尽己所能，尽量为士大夫提供保护，亦使华夏文明在黄河流域得保。
当时在汴梁躲避兵祸者一百四十七万，耶律楚材建议选工匠、儒、释、道、医、卜之流，散居于河北，官给赡养，给予特殊照顾。亡金战争中招集儒士并给予特殊照顾，许多名士如元好问、赵复、窦默、王磐等人都被保护并起用。这一措施在以后蒙古对宋战争中继续得到实行，成为定例。耶律楚材含怨而死，奥都剌合蛮被派往中原，接替牙老瓦赤职务。脱列哥那及其亲信都是昏庸无能之辈，执政期间成吉思汗所制定《札撒》便被搁置，造成蒙古各部法度不一。由是诸王都向四方派遣使臣，滥发诏旨牌符；四下结党，各自为政，令蒙古帝国濒于崩溃。乃马真皇后称制五年，为给己子贵由创造继承汗位条件，滥行赏赐宗室大臣，以取得拥护。按照成吉思汗生前规定，大汗继承人须经忽里勒台推举决定。乃马真一切准备就绪，决定于称制五年八月二十日举行忽里勒台，遣使召集诸王、贵族到都城和林参加大会。诸王中长子西征统帅拔都威望最高，闻说要推举贵由为汗，因心中不满，托病拒绝赴会。
乃马真皇后遂于和林附近夏营地达兰达葩召开选汗大会，与会诸王百官均早被皇后笼络，一致推举贵由为汗。贵由假意以体弱多病为由再三推让，而诸王、大臣则再三劝进。贵由方表示同意继承汗位，并提出条件，以后汗位须让其子孙世代相传。与会者便与其立誓道：“只要你家族中还留一个男丁，便是裹在油脂和草中者，我等都不会把汗位再给别人。”贵由听罢大喜，乃即位为汗，时年四十一岁。意大利方济各会教士柏郎嘉宾受罗马教皇英诺森四世委托，远从欧洲赶来参加贵由大汗登基大典观礼，其后呈递教皇国书。贵由详问其故，原来蒙古军大规模西征震惊整个欧洲，教皇英诺森四世在里昂主持召开宗教大会，商讨抵制蒙古侵略，会上决定派遣教士出使蒙古汗廷，劝告大汗停止征略，改信基督正教。
贵由观其国书，却见教皇在信中指责蒙古人蹂躏基督教国土，杀戮基督教徒，违背上帝旨意，应该弃恶从善，皈依基督教，否则必遭上帝严惩。贵由对此拒不理睬，于是当即命令中书省奉旨官给教皇的复信道：“天神力量、全人类皇帝、大蒙古可汗致罗马大教皇真实信札：我蒙古人受天神偏爱，得专征伐天下所有不臣服者。若教皇接受和平，愿将城堡以献，可使基督教王公当即前来见我缔和，然后我方知你保持和平之心乃诚。否则，当再以天兵伐之。”柏郎嘉宾屡劝无果，只得带着贵由给教皇回信归国复命。西元一二四六年冬，乃马真后病死，贵由方得亲政，是为元定宗。贵由即位后次年，吐蕃归附蒙古帝国。
由于乃马真氏长期把持朝政，滥行赏赐，法制废驰，从而造成朝廷政令不一、蒙古各部诸王间矛盾重重局面，政治已经日趋腐败。贵由执政后，不思勤于朝政，整饬宫禁，反而大开府库，以金银财宝赏赐推举其为大汗诸王、大臣以及将领，以炫耀慷慨和感念之情。贵由身羸弱，又患手足拘挛病，却在继位后效仿其父晚年作为，昼夜沉溺于酒色之中。为此朝中法度不一，内外离心。定宗二年秋，贵由回思去岁召开忽里勒台推举自己为大汗时，拔都托病为由拒不参加大会，于是勾起旧恨，遂以西巡为名，准备西征，讨伐拔都。三年春，贵由大汗从和林出发，率军西行。三月行至横相乙儿，贵由突然病情恶化，旋即去逝，时年四十三岁。在位不满两年，死后由斡兀立海迷失皇后称制。
贵由于西征途中病逝，拔都拒绝奔丧。且为对抗窝阔台家族，拔都以长支宗王身份遣使邀请宗王、大臣到其中亚草原的驻地，召开忽里勒台大会，商议推举新大汗。窝阔台系和察合台系宗王多数拒绝前往，贵由皇后斡兀立海迷失只派大臣八剌为代表到会，托雷正妻唆鲁禾帖尼则命长子蒙哥率诸弟及家臣应召前往。西元一二五零年，忽里勒台大会在拔都驻地召开，拔都在会上极力称赞托雷长子蒙哥能力出众，又有西征大功，应当即位。并指出贵由之立违背窝阔台遗命，窝阔台后人再无继承汗位资格。大会遂通过拔都提议，推举蒙哥为大汗，但窝阔台、察合台两家拒不承认，各负气而走。唆鲁禾帖尼及蒙哥又遣使邀集各支宗王，到斡难河畔召开忽里勒台，拔都派弟别儿哥率大军随同蒙哥前往。正是：可笑皇后乃马真，临朝称制效南朝；贿选助子拉赞助，两年汗位便云消！欲知后事如何，且听下回分解。