殷仲文闻说桓玄征服京师，弃新安郡来投，桓玄任为谘议参军。刘迈当年曾责桓玄，亦前来晋见，桓玄说道：“公岂不怕死，敢来见我？”刘迈说道：“管仲射中带钩，寺人斩断衣袂，再加上刘迈，正好合为三个也。”桓玄乃大喜，命其为参军。
——第七十二回题引
话说晋安帝义熙二年，秃发傉檀派秃发文支讨伐南羌、西虏，连战连胜。遂上表秦帝姚兴，请为凉州牧，姚兴不从，封秃发傉檀为散骑常侍，增加食邑二千户。秃发傉檀复率兵攻打北凉沮渠蒙逊，驻扎氐池。沮渠蒙逊环城固守，秃发傉檀令铲除城外数百里禾苗，直到赤泉而返，回军之后向姚兴献马三千匹，羊三万头。姚兴便任秃发傉檀为使持节、都督河右诸军事、车骑大将军、领护匈奴中郎将、凉州刺史，常侍、公爵依旧，镇守姑臧。秃发傉檀奉诏拜封，率领三万步骑屯驻五涧。凉州刺史王尚派辛晁、孟祎、彭敏，迎接秃发傉檀入姑臧城。王尚遂离姑臧，从清阳门而出，镇南将军秃发文支从凉风门入城。宗敞以别驾身份送王尚回长安，秃发傉檀依依不舍道：“我不以得凉州三千多家为喜，心所牵挂者惟卿一人，今为何要离我而去？”宗敞说道：“今我送故主还于长安，令出姑臧，正是忠于殿下也。”
秃发傉檀于是问道：“孤今方掌凉州，欲行怀远安近之策，当如之何？”宗敞奏道：“凉州虽然破敝，却是形胜之地，可赖此以成霸业。此人不是殿下，却是何人？段懿、孟祎德高望重，武威之人咸服；辛晁、彭敏乃秦陇首领，斐敏、马辅系中原望族，张昶是前凉公族后代；张穆、边宪、文齐、杨班、梁崧、赵昌等，勇武同于张飞、关羽。凭大王神略以威信抚之，农战备治礼教同施，必可纵横天下，况平定河西乎！”秃发傉檀大喜，赐宗敞马二十匹。于是在谦光殿大宴文武百官，颁赐金马各人不等，并派西曹从事史暠出使后秦。姚兴对史暠说道：“车骑将军安坐平定凉州，其会感激孤否？”史暠奏道：“车骑将军在河西积德行善，英名远扬，与陛下之地不邻，万里归顺。陛下置官任才，据功授职，乃治国常道，有何感激？”姚兴道：“我不把凉州授之，其何能得！”史暠奏道：“令河西纷乱、吕氏倾覆者，车骑兄弟使其根基倒塌故也。陛下虽罗网远覆，但凉州在天纲之外。故凭周召之尊，摧于姑臧，齐借王师之盛，挫于张掖。王尚孤城独守，外近群狄，陛下若非连征十年，竭尽中原物力，凉州不易得也。今以虚名授人，己收巨利，臣且知神机妙算出于上天，圣明与天道相契。虽予车骑将军升授职位，亦乃时势所宜焉。”姚兴闻奏大悦，遂任史暠为骑都尉。
秃发傉檀既为凉州之主，在宣德堂大宴众官，仰视其堂叹道：“古人云‘作者不居，居者不作’，诚言是也！”孟祎向前说道：“前凉文王张骏建造城苑，修缮宗庙，准备留给子孙，以作万世之业。秦军渡过黄河，张骏则土崩瓦解。梁熙占据全州，拥十万军众，则在酒泉被败，己死彭济。吕氏以排山倒海之势占有西夏，却分崩离析，在秦雍战败出降。宽饶有云‘富贵无常，顷刻更替’。宣德堂建造将垂百年，更换十二主，惟信德可以久安，仁义可保稳固，望大王努力，致万世无穷。”秃发傉檀叹道：“若非公论，孤何至闻此正直之言！”于是任孟祎为太府主簿、录记室事。义熙三年，秃发傉檀假作出游浇河，袭击西平、湟河诸羌，徙三万户到武兴、番禾、武威、昌松四郡。征集胡汉军士五万，阅兵方亭，进入西陕。沮渠蒙逊率军来敌，战于均石，秃发傉檀败绩，乃率两万骑兵，运载四万石粮食补给西郡，沮渠蒙逊复攻西郡而克之。秃发傉檀又与北魏刘勃勃战于阳武，又大败，将领十余人阵亡，秃发傉檀仅以身免。秃发傉檀连败，遂将三百里内百姓迁进姑臧，境内之民无不惊怨。屠各成七儿趁凉主未归姑臧，率部属三百人反，推举梁贵为主，梁贵闭门不允。屠各成七儿聚众数千将攻禁宫，殿中都尉张猛喊道：“主上败于阳武，是因夏奴人多势众，非战之罪。今责己悔过，乃圣主大义，各位何以乱为！”众人闻之，全都散走。成七儿逃往晏然，被殿中骑将白路追及杀之。军谘祭酒梁裒、辅国司马边宪亦欲谋反，秃发傉檀回京，尽皆诛杀。
北魏常山王拓跋遵袭击后秦高平公没弈干部，抵达高平，没弈干放弃部众，率数千名骑兵，与女婿刘勃勃一起逃奔秦州，魏军赶到瓦亭而归。拓跋遵遂将没弈干库中所有物资积蓄全部收缴，并掠获马匹四万，各种牲畜九万头，又将所属百姓迁至代都，各部族皆分崩离析。北魏平阳太守贰尘再次侵犯后秦河东郡，长安大震，关中各城白日闭城，军民皆不敢出。后秦主姚兴大怒，于是厉兵秣马，谋伐北魏。没弈干逃奔长安，引刘勃勃来见秦帝请罪，姚兴道：“是拓跋索奴无礼来袭，与公无干。”慰抚恕之。因见到刘勃勃，不由异常惊奇，深表敬重，遂任命为骁骑将军，加任奉车都尉，令参预军国大事，亲宠厚遇，超过勋旧故臣。弟姚邕奏道：“刘勃勃天性不仁难近。陛下宠遇过分，臣下不免疑惑。”姚兴说道：“刘勃勃有匡时救世之能，我欲用其才艺平定天下，有何不可！”便命刘勃勃为安远将军，封阳川侯，令助其岳父没奕干镇守高平。复欲将三城、朔方杂夷及其父刘卫辰部众三万人与之，令为巡哨以攻打北魏。姚邕极力规谏不可，说道：“臣观刘勃勃傲慢奉主，残忍治军，贪暴不亲，轻于去留，陛下若亲宠逾分，终必为边境祸害！”姚兴不听弟谏，遂命刘勃勃为持节、安北将军、五原公，将三交五部鲜卑及杂胡共二万余部落配给，使其镇守朔方。
刘勃勃奉命到任，果如姚邕所说，便即心怀不轨。河西鲜卑杜崘向姚兴进献马八千匹，渡河到达大城，刘勃勃将马匹悉数扣留，并佯集所部三万余众去高平川游猎，骗过秦帝姚兴。其后，刘勃勃又袭杀岳父没奕干，兼并其部，人马达到数万。义熙三年，刘勃勃叛秦自立，自称天王、大单于，建元龙升，设置百官。因自谓匈奴是夏后氏之后，故国号大夏。任其长兄刘右地为丞相、代公，次兄刘力俟提为大将军、魏公，叱干阿利为御史大夫、梁公，弟刘阿利罗引为征南将军、司隶校尉，若门为尚书令，叱以鞑为征西将军、尚书左仆射，乙斗为征北将军、尚书右仆射，其余文武依次授任官职。同年，刘勃勃讨伐鲜卑薛干等三部，降其众一万数千，复伐后秦三城以北各处边防驻军，杀杨丕、姚石生。诸将劝谏说应坚守，宜先巩固根本，使人心有所依托，方成大业。刘勃勃不听道：“卿等只知其一，不知其二。我大业草创，军队不多；姚兴乃当世雄杰，关中不能图也。今各方镇皆从秦帝命令，我若固守一城，其必合力来攻，我非其对手，很快即亡。我若急出如风，出其不意，其援前我击其后，援后则击其前，使其疲于奔命，我则从容自若。不出十年，岭北、河东悉归我有；姚兴死后，我再逐步攻取长安。姚兴子姚泓庸弱小儿，擒其之计已在我算中。昔轩辕氏也曾二十余年迁居无常，岂独我耶！”于是侵掠岭北诸部，致其城门不敢昼开。姚兴闻报大惊，不由感叹道：“我不纳姚邕之谏，以致到此地步！”正如刘勃勃所说，秦太子姚泓为人孝友谦厚，喜文学擅歌咏，但性格懦弱，身体多病，姚兴因此迟疑不决，拖时甚久，方终立为太子。
晋元兴元年，桓玄既入京师，称诏解严，自为丞相，总百揆，都督中外诸军、录尚书事、扬州牧。后让丞相而为太尉，以弟桓伟为荆州刺史，桓修为徐、兖二州刺史，桓石生为江州刺史，卞范之为丹阳尹，王谥为中书令。又以刘牢之为会稽内史，明升暗降，夺其兵权。刘牢之闻其任命而大惊道：“起始便夺我兵，其祸至矣。”乃不奉命。桓玄闻报不悦，刘敬宣便请回京口，劝告父亲刘牢之领命就任，桓玄从之。刘敬宣回至京口，却劝说父亲刘牢之袭击桓玄，争取主动。刘牢之犹豫，率部移到班渎驻扎，私寄书问旧部刘裕道：“今我北上广陵与高雅之会合，一同起兵匡扶社稷，公其能从我否？”刘裕回书道：“向日将军拥数万精卒，对桓玄望风降服，故使其实现志向，声威震动天下。今士民已附桓玄，公欲达广陵可乎？某欲卸甲裒服，回京口为民矣。”遣信使出府之后，乃退谓部将何无忌道：“我观镇北将军此番必然难逃一死，你可随我回京口去。桓玄若守臣节，你我当从之；不然，当与卿图之可也。”何无忌信以为然。刘牢之见刘裕不从己召，于是大集将领僚属，商议据守长江以北以讨桓玄。参军刘袭说道：“可之而不可为者，最大莫过于谋反。将军前反王恭，近反司马元显，今复欲反桓玄，连续三反，将何以自立！”话毕回身便走，快步出帐，其他将佐也多一哄而散。刘牢之恐惧异常，派子刘敬宣去京口迎接家属，已过约定日期，家属不至。
刘牢之以为谋反事情已泄，儿子及家眷必被桓玄所杀，故此不敢滞留京口，率领余部向北逃跑。到达新洲，见部众皆散，随者无几，刘牢之遂自缢而死。刘敬宣引家眷而来，赶到新洲见父亲已死，痛哭一场，便渡过长江，投奔广陵去了。刘牢之部下将其装敛，棺木运回丹徒。桓玄下令劈棺斩首，并将尸体扔到街上示众。司马休之、刘敬宣、高雅之皆逃奔到洛阳，各献子弟到后秦以做人质，请求借兵复仇。秦王姚兴交予兵符印信，令其到关中自行招募兵丁，招到数千精卒，驻于彭城。夏四月，桓玄出都城建康，还镇姑孰，辞去录尚书事官职，安帝诏准，但凡是大政方针，皆令请示桓玄，余事由尚书令桓谦及卞范之决定。
自隆安以来，东晋百姓对天灾人祸、动乱战争深感厌倦。桓玄刚到京师，罢黜奸佞、选拔贤俊，百姓悦之。但不久桓玄便骄奢横暴，放纵享乐，政令变化无常，朋雄奸党纷出，甚至对朝廷大加凌侮，并将御用车马轿乘、供奉食用随意裁减，连安帝也几乎不免冻饿。其时又逢三吴大饥，住户人口减少一半，会稽郡十余六七，临海、永嘉两地人口则几乎全部死亡。即使是富贵人家，也都穿着绫罗绸缎，怀抱金玉，关门闭户，相互之间看着饿死。吴中民不聊生，于是饥民四起，皆逃往海岛，投奔卢循。且说卢循者，乃魏晋名士卢谌曾孙，孙恩妹夫也。神态风采清秀雅静，多才多艺。自孙恩跳海自杀，其余部数千人复举卢循为首，隐居海岛不出。卢循幼时，僧人惠远曾对其说道：“子虽素雅儒风，但藏不法之志，未知是否？”卢循笑而不答。太尉桓玄见饥民皆趋附卢循，欲以安抚，使东部局势稳定，遂命卢循为永嘉太守。卢循虽然接受任命上岸为官，但依然为非作歹，行劫施暴，时刻准备作乱谋反。桓玄使部下暗示朝廷，封己为豫章公、桂阳公，并保持原南郡公，享三公之爵。朝廷无奈从之，桓玄即将豫章公封给儿子桓升，桂阳公封给侄儿桓俊。朝中闻之，无不大哗。
桓玄既平刘牢之，寻隙将吴兴太守高素、将军竺谦之及从兄竺朗之、刘袭及弟刘季武杀之，因其皆为刘牢之所统北府旧部也。刘袭兄长冀州刺史刘轨联合司马休之、刘敬宣、高雅之等人占据山阳，进攻桓玄不成，因而退走。将军袁虔之、刘寿、高长庆、郭恭等人也都赶至，与其一起逃亡。先欲投奔北魏，到陈留以南分为两路：刘轨、司马休之、刘敬宣等人投奔南燕，袁虔之、刘寿、高长庆、郭恭等人投奔后秦。袁虔之等人到达长安，后秦王姚兴亲自接见，问道：“桓玄才略与其父桓温相比如何？”袁虔之答道：“桓玄乘晋室衰微动乱之机，窃据宰相高位操纵大局，为人多疑猜忌，刻薄残忍，刑罚赏赐又极不公平；据臣观察，才能远不如其父，便野心犹有过之。桓玄今掌朝中大权，必要篡权夺位，正可为他人起而除之以供口实也。”姚兴以为言之有理，遂命袁虔之为广州刺史，余者各以其才任用。
且说桓玄在三月攻入建康时即废除元兴年号，恢复隆安，不久又改元大亨。自置为太尉，又加衮冕之服，绿綟绶，增班剑至六十人，剑履上殿，入朝不趋，赞奏不名，分派桓氏宗族亲信出任内外职位。又下诏全国避其父桓温名讳，同名者皆要改之，又赠其生母马氏为豫章郡太夫人。大亨元年，桓玄迁大将军，又奏请率军北伐后秦，但因自知不敌，随后复暗示朝廷下诏阻止。其玩弄权术哄骗世人，却使人一看便知，浅薄之至。当年桓伟去世，桓玄脱下丧服作乐，而桓伟乃是桓玄亲仗之人也。桓伟死后，桓玄孤危，亲信殷仲文及卞范之劝桓玄早日篡位。桓玄遂晋升桓谦、王谧、桓修等人，自命为相国，更划南郡、南平、天门、零陵、营阳、桂阳、衡阳、义阳、建平共十郡于己，使朝廷封自己为楚王，加九锡，并置楚国官属。及后桓玄自解平西将军和豫州刺史，将官属并入相国府，不臣之心昭然若揭、显露无遗。殷仲堪党众庾仄起兵反抗，趁荆州刺史桓石康未到，引七千人袭取襄阳，震动江陵。桓石康后引军到，将其平定。桓玄及后又假意上表归藩，却又代朝廷作诏挽留自己；然后再请归藩，又要晋安帝下诏挽留，如此反复不已。故此自编自导，自己上表自己下诏作答，乐此不疲。另桓玄亦命人报告祥瑞，又想像有高士出现，不惜命皇甫谧六世孙皇甫希之假扮高士。但皇甫希之腹中并无甚才学，开口说话便漏其底细，被时人称作“充隐”，以为笑谈。桓玄对政令执行亦无坚定意志，常改变主意，导致政命不一，朝三暮四，不免乱七八糟。
大亨元年十一月，桓玄自加冠冕，戴天子规格十二旒，又加车马仪仗及鼓吹乐器，改称楚王妃为王后，世子为太子。十一月十八日，由卞范之写好禅让诏书，并命临川王司马宝逼迫晋安帝抄写。二十一日，由兼太保、司徒王谧奉玺绶，将帝位禅让给桓玄，随后迁晋安帝至永安宫，又迁太庙，奉晋朝诸帝神主至琅邪国。及后百官到姑孰劝进，桓玄又假意辞让，官员又坚持劝请，闹个不亦乐乎。直到折腾够了，桓玄故作勉从众官所请，于是筑坛告天，于十二月三日正式登位为帝，并改元永始，改封晋安帝为平固王，迁于浔阳。桓玄篡位后骄奢荒侈，游猎无度，通宵玩乐。因桓玄性格急躁，呼召时皆都要快速到达，当值官员都在省前系马备用。宫禁内事务烦杂，已经不像朝廷，倒似集市。桓玄又兴修宫殿，建造大乘舆，可容纳三十人。百姓疲惫困苦，民心思变。北府旧将刘裕、何无忌与刘毅等人于是暗地募兵，欲以讨伐桓玄。永始元年二月，刘裕等人正式举义，在京口、广陵、历阳和建康四地一同起兵。刘裕派周安穆向建康刘迈报告，使作内应；然而刘迈惶恐，后更向桓玄告发。桓玄初封刘迈为重安侯，但后以刘迈没有及时收捕周安穆，于是杀害刘迈及其他内应。诸葛长民于历阳举兵，亦被刁逵所捕。刘裕等终取京口、广陵两郡，擒杀刺史桓修、桓弘。
刘裕率义军进至竹里，桓玄加桓谦为征讨都督，率兵以抗。桓谦请求派兵往攻刘裕，但桓玄畏惧刘裕兵锐，打算屯兵覆舟山以待，于是对桓谦说道：“兵法云以逸待劳，以静制动，无往而不胜者也。彼刘裕等叛军自京口远道来袭，若到建康后见到我大军严阵以待，则必然惊愕，军无战心。且我军固垒坚守不出，对方求战不得，自会散走。彼时我再出垒击之，刘裕等则不战可擒矣。”桓谦听罢心道：“是何言耶！待叛军兵临城下，城中百官慌恐，军无战心者必是我军。”于是固请出战。桓玄拗不过他，于是就派顿丘太守吴甫之及右卫将军皇甫敷迎击。二人引兵鼓勇而出，便如抱薪救火，即刻败兵回报，说二将皆被刘裕所杀。桓玄大惧，遂召见国中道士，令其于阵前作法；后又命桓谦、何澹之引军屯于东陵，卞范之屯于覆舟山西，共以二万兵抵抗刘裕等北府军诸将。刘裕进至覆舟山东，闻山西有敌军，遂令遍插旌旗故设疑兵。卞范以为刘裕兵力众多，急遣人报回建康，请命增援；桓玄得报，更派庾赜之率兵增援诸军。然因刘裕兵众大多是北府军出身，向称无敌军，桓谦军尽皆畏惧，未有战意，一触即溃。刘裕临阵观察明白，传令击鼓而进，各部将领兵死战，奋勇直前，并乘风施以火攻。不过半日，桓谦等数万大军灰飞烟灭，大溃而逃。且说桓玄派出桓谦等将，前往抵抗之时，其实已知其必不是刘裕对手，已经萌生离去之念，并命殷仲文在江边准备船只。闻知桓谦等三军既败，桓玄便于三月二日与一众亲信出离建康城，往西溯流而上，欲奔江陵。因心慌急逃，当天没有进食，随从左右进糙米饭，桓玄吞咽不下，眼中流泪。时有少子桓升正当年幼，抱其父桓玄以善语抚慰，更令桓玄忍不住心中悲伤，一发流涕不止。
桓玄一行逃到浔阳，江州刺史郭昶之供给物资食用。晋安帝被废后迁居于此，桓玄便挟安帝前至江陵，署置百官，大修水军，不足旬月复得兵众二万。楼船兵器齐备，颇显强盛，军威稍振。桓玄此时老病重犯，复酷刑滥杀，部下官吏将领动辄得咎，轻易处死，故令军心复散。刘裕复夺建康，令歇兵一月，以待诸军会集进军。众将皆率本部军来至京师，纷纷请战，不予桓玄喘息之机。刘裕笑谓诸将道：“桓玄此人脾性，某深知之。江陵乃彼之故巢，经营多年，民心已附。若是我等攻得急时，彼必固垒死战，且我自下游仰攻，十有八九无功。若是缓而不攻，彼则旧病必犯，轻杀官吏将士，人心皆散，不复能守。我在建康按兵不出，非为聚集诸公合兵，实为待其内部生变耳。今已期月，其内衅已成，由此攻之可矣！”众将皆服其高论，赞佩不止。刘裕遂升帐遣将，派何无忌率二万水军溯流而上；刘毅引骑兵沿岸往西掩护水军，自引大军水路并进，随后往江陵进发。众将闻令意气风发，各引兵依计起行。单说何无忌引二万水军鼓起风帆，顺风逆流而上，前至江陵。桓玄部下水军都督何澹之等正在寨中与部将痛饮，未料北府军说到便至，待脚步踉跄出舱，欲令击鼓聚将之时，被北府军已抢入寨门，四面放起火来。何无忌当先驾船而进，左冲右突，勇猛无敌。
何澹之见满营火起，知道大事已去，急命近卫去夺了数只小舟，与适才同饮数将下小船寻路而逃。但亦怪喝得晕头转向，兼酒力又猛，再被江风吹拂，水复浪急，丁大都督在小舟上立脚不住，一头栽入滚滚长江，瞬息飘流向东，往东海而去，再不复还矣。列位看官！中国自有水师以来，历史上首位临战淹死之水军大都督，便是何澹之大帅也，读史者不可不知。北府大将何无忌旗开得胜，遂攻陷湓口。何无忌下令就船上众军用餐，无需清扫战场，餐罢乘胜而进，一鼓作气，复进占浔阳。待将守军击溃，何无忌引三军进城之时，方见红日西坠，彩霞满江，亦才是城中家家户户炊烟袅袅之时。何无忌在城中歇了一夜，刘毅引陆路步骑亦至，两人依旧水陆并进，西上江陵。此番行军打仗倒像旅游，实在令人惬意至极。
却说桓玄在江陵期月有余，每日除酗酒游猎，亦复训练水军。不过此公训练水军与他人绝不相同，不是练其攻守击防，却常令禁军在楼船之侧泛舟，预演败走时动作，遇敌来攻之时，怎样从大船上救驾下于小舟，如何驾舟逃命等项。三军将士看得多了，不由灰心丧气，皆无斗志。这一日探马来报：“刘裕等自建康出兵来伐，前锋已破湓口，夺我浔阳，水陆并进，将至江陵！”桓玄大惊，急令水军顺流而下迎敌，自率步骑亦自江陵迎击。五月十七日，两军于峥嵘洲相遇，当时桓玄军占据兵力优势，且恃上凌下，但因军无战心，故在刘毅进攻下迅速溃败。桓玄叹道：“果不出我所料耶！”遂令焚毁辎重乘夜逃走，步兵都督郭铨向刘毅投降。桓玄于是败回江陵，命令收拾金银珠宝数十车辆，再挟晋安帝西走。
桓玄挟持晋安帝出离江陵，部将冯该拦住马头，力劝桓玄整兵再战。桓玄不肯，欲投奔梁州刺史桓希。当时人心已离，桓玄命令已无人遵行，只与心腹数百人出发。车驾到城门之时，随行中人有欲暗杀桓玄，但射之未中，于是彼此厮杀，乱作一团。桓玄乃奉安帝司马德宗，太后何法倪及皇后王神爱车驾，勉强登船。此时环顾左右，身边大臣因离乱皆被分散，只有卞范之及屯骑校尉毛修之引数百禁军，跟随在侧。桓玄欲到梁州治所汉中，毛修之诱使入蜀，桓玄只得听从，于是溯江而上。当时正值宁州刺史毛璠去世，益州刺史毛璩派侄孙毛佑之及参军费恬等，领数百人送毛璠灵柩至江陵，于五月二十六日在江陵城西枚回洲与桓玄相遇。二人痛恨当初桓玄父桓温攻灭蜀国，此时闻说是桓玄到来，又见其落单，岂有不痛打落水狗之理？于是进攻桓玄，箭矢如雨，桓玄宠臣丁仙期、万盖等为桓玄挡箭而死。益州督护冯迁跳上桓玄坐船，抽刀向前，桓玄急拔下头上玉饰递给冯迁，令其观看，并威吓道：“此乃御用之物也。你是甚么人，竟敢弑杀天子？”冯迁一掌将其头饰击落入水，说道：“你真搞笑至极！我只杀天子叛贼，此处何有天子！”可笑！桓玄遂被杀害，享年三十六岁。
桓玄死后，冯迁等便奉毛璠灵柩东还江陵，置其部从余人不问，更不知晋安帝便在江中船上。桓玄从弟桓谦闻其兄被杀凶信，便在舟中为兄举哀，上谥号为武悼皇帝。桓玄首级则被毛佑之等传至建康，挂于城头大桁之上示众。百姓看见之后无不欣喜，至奔走相告，如同元宵观灯盛况。当初穆帝皇后何法倪及安帝皇后王神爱被桓玄弃于巴陵，殷仲文当时以收集散卒为名，将二后移驻别船，并趁机背叛桓玄，迎请二后回于建康。却说刘裕闻桓玄已死，遂引兵还于建康，设立留台，总率百官商议，奉迎乘舆，收桓玄宗族在于建康者，尽行剿灭诛杀。于是命尚书王暇率百官西至江陵，奉迎晋安帝乘舆，王暇欣然领命西往。司徒王谧与众臣商议，欲推刘裕领扬州牧，刘裕固辞不肯受，乃以王谧录尚书事，领扬州刺史。刘裕自为镇军将军，都督三吴八州诸军事，徐州刺史，领军将军。又以刘穆之为堂邑太守，总诸京师政务，尽皆委任之。刘穆之亦竭节尽诚，无所遗隐。当时晋政宽驰，纲纪不立，豪族陵纵，小民穷蹙，其时刘穆之斟酌时宜，随方矫正。又因刘裕以身垂范，威禁内外，百官皆肃然奉职，不盈旬日而建康风俗顿时改恶为美。当初王谧为桓玄佐命元勋，曾亲手逼晋帝玺绶以授桓玄，及桓玄败亡，众皆议诛之，惟刘裕独力使其保全。有诸葛长民至豫州，因失期未及发兵，被桓玄部将刁逵擒获欲送桓玄，槛车未至而桓玄败亡。监送军士遂放出葛长民，还趋于历阳。刁逵乃弃城而走，被部将捆送建康，刘裕下令斩于石头城，子侄亦皆诛杀。