东晋自偏安以来，时刻面临着来自北方的威胁。
虽然祖逖、庾亮、殷浩、桓温都曾先后北伐，但无一成功。
晋元兴三年（404年），刘裕起兵讨伐篡晋称帝的桓玄。
次年，拥戴晋安帝复位，控制东晋朝政。
彼时，南燕统治集团内部矛盾日益加剧，慕容超信用奸佞，诛戮贤良，赋役苛重，激起民众强烈反抗。
为了晋朝的强大，刘裕决定兴师北上。
刘裕为抗击南燕，外扬声威，遂欲挂帅北伐。
公元 409年二月，南燕军队侵扰淮北，就正好给了刘裕一个机会。
他上书皇帝，要求北伐，获得朝廷批准后，他迅速出兵，五月就到了下邳。
两次北伐，前后灭南燕，破北魏，亡后秦，收复山东，河南，关中等地，光复洛阳、长安两都。
后来，长安虽然在一年多后得而复失，但潼关以东、黄河以南和山东全境已划入晋朝版图，“七分天下，而有其四”，江淮流域得到保障。
为刘宋永初和元嘉年间，休养生息，出现“余粮息亩，户不夜扃”的局面提供北部疆域的屏障，仍不失为取得较大成果和有重大历史意义的北伐。
唐代史学家朱敬则称赞此次北伐：“西尽庸蜀，北划大河。自汉末三分，东晋拓境，未能至也。”
辛弃疾在《永遇乐·京口北固亭怀古》一词中称赞：“金戈铁马，气吞万里如虎。”
义熙五年（409），南燕主慕容德死，其侄慕容超袭位，纵兵肆虐淮北，掳去晋两郡太守，驱掠百姓千余家。
刘裕因此上表北伐，三月，他统领晋军向北挺进。
南燕大将—公孙五楼见晋师威猛，向慕容超建议扼据大岘，坚壁清野，但被拒绝。
刘裕看准时机，冒险越过大岘山隘，一举攻克临胊，夺得大量辎重。
紧接着，晋军将士在刘裕的亲自鼓动下迅速进击，直逼燕都广固。
慕容超遁入城中坚守不出，双方因此进入相持阶段。
晋军一方面高垒重堑，将广固团团围住，以燕人之粮充实军用。
一方面招降纳降，采取分化瓦解之策。
南燕大将—桓遵兄弟及徐州刺史—段宏相继归附，尤其是尚书郎—张纲被俘，对刘裕十分有利。
最后正是利用他所设计的攻城器械，从而拿下燕都，并活捉了慕容超。
刘裕以广固久守不降为由，入城后，尽杀王公以下三千人以泄愤。
齐境克服，刘裕本想停镇下邳，荡凊河洛，但孙恩妹夫卢循复集孙恩残部，败晋军于豫章。
因此，刘裕不得不班师回朝。
回京后，先后督师镇压卢循、剿灭割据长江中上游的刘毅、谯纵势力，逼走司马休之，使南方出现了百年来从未有过的一统局面。
义熙十二年（416）一月，后秦主姚兴死，姚泓继位，内部叛乱迭起，政权不稳。
刘裕认为这是灭亡后秦的良机。
彼时，刘裕图以晋室名声安抚北方人民，故想奉司马德文之名北伐。
司马德文因而上书出兵，以修谒晋室山陵，最终刘裕就与司马德文一同率兵出发。
八月，刘裕以刘穆之任尚书左仆射，内总朝政，外供军粮，自己率大军分四路北伐。
九月，刘裕扺达彭城。
龙骧将军—王镇恶、冠军将军—檀道济领兵由淮、淝转向许、洛，后秦诸屯守皆望风降附，晋军进展神速。
十月，王镇恶军占领洛阳。
次年正月，刘裕留其子刘义隆镇守彭城，自率大军北上。
此时，北魏派十万重兵驻守河北，并以游骑骚扰晋军。
刘裕在行军中，虽然常设奇阵或用大弩强槊击败魏军，但进军速度缓慢。
王镇恶军由洛阳进抵潼关后，为秦主力守险以阻，檀道济军的粮道也为秦将姚绍截断，一时间晋军处于危境。
王、檀二将向刘裕求援，而刘裕却为北魏军牵制，因此自顾不暇。
幸得当地百姓的帮助，潼关的晋军才转危为安。
三月初八，刘裕以左将军—向弥率部分兵力屯于黄河重要渡口—碻璈，自率大军进入黄河。
魏军为防止晋军于黄河北岸登陆向魏进击，也以数千骑兵沿黄河北岸跟随刘裕军西行。
期间，凡漂流至北岸的晋军人员，均被魏军擒杀。
刘裕数次派兵上岸攻击魏，可刚一登岸，魏军便逃离岸边。
为了击败魏军的袭扰，刘裕命令数千勇士和车百乘，由丁旿和宁朔将军—朱超石率领，携带强弓利箭，登上黄河北岸，列阵而进。
魏军立即前来进攻，魏将长孙嵩率骑兵三万四面围攻晋军。
晋军拼力死战，魏军被利箭射杀者甚众，死尸堆积遍地，魏将阿薄干被斩，魏兵败退。
朱超石率宁朔将军—胡藩、宁远将军—刘荣祖追杀，又斩俘一千多人。
四月中旬，刘裕进至洛阳，为防止魏军的袭击，在洛阳停军两个月，部署后方的防卫。
七月，刘裕全面击退魏军，十万魏军几乎全军覆没，河南全境被收复，刘裕随后进至陕城。
另一边，前锋沈田子攻入武关，进屯青泥。
八月，刘裕至潼关，与诸部会合。
秦主姚泓为缓解两面受敌的危局，谋划先消灭沈田子军，再抵御刘裕，于是率步骑数万急趋青泥。
沈田子军本为疑军，不过千余人，但各自为战，骁勇异常，数次出击竟使姚泓败还长安。
此时，王镇恶突破潼关防线，率师直进，一举攻陷长安城，姚泓率群臣投降。
至此，后秦便宣告灭亡。
总的来看，刘裕的两次北伐既抵抗了北方少数民族政权对南方的侵扰，又保护了南方人民的生命和财产安全，保证了江南经济开发不被破坏。
同时，北伐又扩大了晋朝的领土，东晋也因此成为晋和南朝中领土最大的政权，北伐也为晋朝引入了新的政治力量，这些又为晋朝抵抗北魏提供了条件。
只有等北方民族融合完成，统一条件成熟后，南北才又归于统一。
因此，刘裕北伐建立的功勋也受到了后来史家的赞扬。
王夫之说：“宋武兴，东灭慕容超，西灭姚泓，拓跋嗣、赫连勃勃敛迹而穴处。自刘渊称乱以来，祖逖、庾翼、桓温、谢安经营百年而无能及此。后乎此者，二萧、陈氏无尺土之展，而浸以削亡。然则永嘉以降，仅延中国生人之气者，唯刘氏耳。”