小翔和小智他们乘着琪朵的吉普车，前往“世界起始之树”。路卡利欧则在前方，奔跑着为他们引路。
路卡利欧可以使用波导探测，即便几百年来，山谷的地形有所变化。它也可以找到正确的道路。并且，帮助小翔他们规避危险。
山谷中，有不少威力非常可怕的间歇泉。如果不小心撞上间歇泉的爆发，恐怕他们会和吉普车一起被顶飞。除此之外，因为温差的影响，山谷中的雾气也很浓。如果没有路卡利欧的帮助，这趟旅行对小智他们来说，绝对危险重重。
这期间，小智他们找到了一个天然温泉。正好这时候，夜晚即将降临。大家商量了一下，也就在这里泡了下温泉，然后扎营休息。
夜晚的时候，小智因为皮卡丘不在身边，非常不习惯，完全睡不着。而另一边，路卡利欧也没有休息。它作为保护小智他们的存在，有着守夜的义务。
一人一神奇宝贝，就这样，就着月色，聊了起来。
虽然之前发生了争吵，闹得非常不愉快。但小智还是试图和路卡利欧和好。路卡利欧也反思了它之前的迁怒行为。两人的关系好转了很多。
不过，聊着聊着，两人就聊到了亚朗。路卡利欧坚持认为，亚朗抛弃了城堡和它。小智却觉得一定不是这样的。
虽然小智没有见过亚朗，但听了艾琳女王的讲述，小智似乎能够理解亚朗是个怎样的人。小智觉得，亚朗一定不会抛弃路卡利欧和他生活的地方。他一定是为了拯救艾琳女王和路卡利欧，才独自前往“世界起始之树”的。
小智和路卡利欧的理解完全不同，双方又都是固执的人，争执下去后，原本和好的关系，也再次破裂。并且，激动之下，路卡利欧再次质疑小智和皮卡丘的关系。预言关键时刻，小智一定也会像亚朗一样，抛弃皮卡丘，独自逃走。
这样的话语，立刻触怒了小智。小智冲上去，和路卡利欧扭打起来……
两人的扭打，惊醒了小翔。小翔叫出风铃铃，一人给了一个哈欠技能，让这两个家伙，都乖乖睡了下去。
第二天，小智和路卡利欧仍然看对方不顺眼。在路过当初路卡利欧被封印的地方的时候，两人再次发生争执。然后，无意中，小智踢到了一朵时间之花。
美丽的时间之花绽放开来，当日亚朗封印路卡利欧的景象，完全再现于大家的面前。然后，两支军队在山谷中相遇、激战的景象也跟着一起展现在众人的面前。
战场的残酷和可怕，远不是普通人可以想象的。在场的众人，全都受到了惊吓。小胜甚至躲进了他姐姐的怀里，完全不敢睁开眼睛。路卡利欧，也激动地不断向着时间之花放出的立体影像扔着波导弹。过了好一会儿，它才平静了下来。
时间之花绽放完之后，再次变成花苞。周围的影像，也因此全部消失。
小智来到路卡利欧身边，向路卡利欧道歉。别的不说，至少时间之花展现的情景，和路卡利欧描述的一样。亚朗封印路卡利欧的时候，一句话也没有说。那冷漠的模样，很难让人相信，他不是抛弃了路卡利欧。
也许因为波导之力的原因，小智的歉意，完全传递到了路卡利欧的心里。路卡利欧原谅了小智，并且答应，一定会帮助小智和皮卡丘团聚。
小翔看到和好的两人，点了点头。然后，他才来到路卡利欧的身边。
“路卡利欧，这一路上，时间之花的数量并不少。甚至，‘世界起始之树’中，也有时间之花存在。如果你想要了解当初亚朗为什么要将你封印，或是他之后怎么样了，就去寻找亚朗的时间之花吧。亲眼所见的东西啊，一定比任何言语都能让你了解到真实。”小翔拍了一下路卡利欧的肩膀，对它说道。
路卡利欧听到小翔的话，抬起头来，看了小翔一眼后，点了点头。
时间之花的事情，只是一个小插曲，却也是一个重要的转折点。接下来，路卡利欧完全把小智当成了亲密的伙伴，一路上都在小心翼翼地保护着小智。
小翔见此，也就完全放心了。他相信，此时的小智和路卡利欧，已经可以到达‘世界起始之树’的最深处，然后找回皮卡丘。
在众人到达‘世界起始之树’脚下的时候，雷吉洛克（岩神柱）突然出现，并且袭击了他们。小翔立刻明白了，他们已经到达了“世界起始之树”的边缘。
“等等，雷吉洛克……”小翔叫住了雷吉洛克，向其解释起了事情的缘由。
可能小翔真的很受传说神奇宝贝们信赖。雷吉洛克了解事情的经过后，将事情交给了小翔安排。然后，它就使用挖地洞技能离开了。
“好了，我们的旅行，到这里就是终点了。接下来，就是小智和路卡利欧的征程了。”小翔打开吉普车的后备箱，将挣扎着的武藏和小次郎揪出来，然后，才这样对大家宣布道。
大家虽然觉得很遗憾，但想到之前小翔的话，也只能在这里停下。
“小智，我要在这里看着他们，不能陪你一起进去了。拿着这东西，如果遇到了危险，就捏碎它。我会立刻赶过去的。”小翔将一颗雪花状的水晶，交给了小智。
“我知道了，谢谢你，小翔。”小智点了点头。
“没什么。路卡利欧，小智就拜托你了。他的波导和亚朗很相似，所以，他可以打开亚朗的时间之花。希望，你能……”
小翔的话只说到一半，就说不下去了。因为，他已经进入过“世界起始之树”，自然知道，亚朗已经死去。亚朗的尸体，也已经化作水晶，和“世界起始之树”，融为一体了。
“我知道了。我会保护好小智的。”路卡利欧虽然很在意小翔只说到一半的话，最后还是点了点头。不过，它的心里，此刻比小智还要不平静。
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